Dans un monde futuriste en 7698, un virus a décimé 99 % de la population. L'assassine Æon Flux est alors chargée de tuer Trevor Goodchild, le chef du gouvernement de la cité-Etat Bregna. Mais cette dernière découvre en cours de mission qu'elle a été manipulée par les rebelles Monican qui visent secrètement à s'emparer du pouvoir.