Un beau jour, alors qu'il se promène dans les bois de Sakura New Town, un garçon nommé Keita Amano tombe sur une machine à capsule particulière près d'un arbre sacré. Quand il ouvre l'une des capsules, il fait apparaître un Yōkai nommé Whisper, qui donne à Keita un dispositif connu sous le nom de Yōkai Watch. En l'utilisant, Keita est capable d'identifier et de voir de nombreux yōkai qui hantent les personnes et causent des méfaits. Ensemble, Keita et Whisper commencent à devenir amis avec toutes sortes de yōkai rencontrés, qu'il peut alors invoquer pour lutter contre des yōkai malintentionnés qui vivent dans la ville.