Après avoir échappé de justesse à la destruction de la Terre, l’humanité — ou plutôt ce qu’il en reste — erre dans l’espace à bord du Sidonia. Élevé dans les bas-fonds de ce vaisseau colossal, le jeune Nagate devient l’un des défenseurs d’élite de la cité. Rempart contre les Gaunas, de terribles extraterrestres capables de changer de forme à volonté, il est l’ultime espoir de survie de la race humaine.