Armure de combat géante, l'Aquarion est la meilleure arme de l'humanité contre les menaces venues de l'espace. Leurs pilotes se sont entraînés sans relâche pour vaincre les Anges de l'Ombre, des monstres envahisseurs ayant accumulé de l'énergie cinétique pendant des milliers d'années. Une fois de plus, l'humanité doit se tourner vers l'Aquarion, mais cette machine suffira-t-elle à la sauver ?