Une enquête d’Eddie, Badillo et Jamie pour violences conjugales s’avère en lien avec une affaire de meurtre suivie par Danny et Baez. Frank et l'archevêque Kearns se rendent incognito en ville pour tenter de comprendre les dysfonctionnements qui ont conduit le public à perdre confiance en la police et en l’église. Jack présente à Erin un ami désireux de contribuer à sa campagne.
S13E02 - Les absents ont toujours tort
Danny et Baez cherchent à rendre justice à leur amie, la médium Maggie Gibson, hospitalisée après avoir été attaquée. Frank tente de trouver la façon la plus appropriée de rendre hommage à un ancien commissaire de police.
S13E03 - Dr Dodo
Des tensions surviennent au sein du clan Reagan quand Frank annonce qu'il n'appuiera pas la candidature d'Erin au poste de procureur. Danny et Baez enquêtent sur une scène de crime sanglante dans un hôtel.
S13E04 - Course contre la montre
Danny et Baez enquêtent sur une série de cambriolages violents visant des montres de luxe. Erin est déchirée à l'idée d'incriminer un homme potentiellement innocent.
S13E05 - Bras de fer
Frank ouvre une enquête lorsque les Reagan sont harcelés par les opposants d’une unité controversée de la police new-yorkaise. Danny et Baez forment une alliance inattendue avec un indic pour empêcher un meurtre.
S13E06 - Monnaie d'échange
Une fusillade liée à un gang sème la discorde entre Danny et Jamie. Erin et Anthony cherchent à comprendre pourquoi un substitut de leur cabinet mettrait délibérément en péril un dossier impliquant le neveu d'Erin. Frank décline une invitation pour un forum universitaire où Sid Gormley est invité à sa place.
S13E07 - L'étoffe des héros
Erin arrive sur les lieux d’une fusillade mortelle dont le seul témoin est Sophia, la fille d'Anthony. Ce dernier n’est pas du tout disposé à ce que sa fille coopère. Frank intervient suite à l’inaction d’un officier lors d'une fusillade au prétexte qu'il n'était pas de service. Danny et Baez enquêtent sur une violente agression tandis qu’Eddie et Badillo aident une touriste à voir le bon côté de New York.
S13E08 - La règle d'or
Danny croise le chemin d’un criminel lié à un précédent dossier. Frank et le maire Chase s'en prennent à un policier pour ses déclarations politiques. Jamie est pris entre deux feux quand Fleming lui demande d’enquêter sur l’intégrité d’Eddie et de Badillo. Anthony surprend Jack Boyle en compagnie de mafieux.
S13E09 - Fractures
Frank et son petit-fils, Joe Hill, doivent faire face à une terrible insulte à la mémoire du père de Joe. Erin et Henry collaborent pour stopper un escroc ciblant les personnes âgées au téléphone. La capitaine McNichols s’intéresse soudainement à l’affaire de chiens volés sur laquelle Eddie et Badillo enquêtaient.
S13E10 - Impostures
Erin n’est pas convaincue par les directives de son conseiller en communication pour sa campagne électorale. Jamie et son équipe infiltrent un réseau high-tech de contrebande de voitures. Eddie et Danny enquêtent sur un justicier qui se prend pour un policier et Frank s’oppose à un nouveau dispositif mis en place par le maire.
S13E11 - À nos êtres chers
L'enquête de Danny et Baez sur la mort d'un escroc des échecs est compliquée par les interférences du fils de la victime. Erin se voit offrir l'appui d'un influent pasteur de Harlem pour sa campagne électorale en échange d'une faveur professionnelle. Jamie essaie de se racheter auprès d'un ancien détenu qu'il regrette de ne pas avoir soutenu quand il débutait dans la police.
S13E12 - Cadeau d'adieu
Danny retrouve son ami Mickey Patrick, un ancien criminel qui vient lui demander de l'aide pour retrouver sa fiancée disparue. Anthony propose à Erin d'effectuer une surveillance avec lui en guise de cadeau d'adieu avant qu'elle se présente au poste de procureur général.
S13E13 - Les histoires du passé
Danny et Baez se lancent dans une course contre la montre pour attraper un tueur en série qui s’en prend à des jeunes femmes. Erin et Eddie se disputent lorsqu'Eddie intervient dans une affaire de meurtre et dans sa vie personnelle.
S13E14 - Collision
L’ancienne coéquipière d'Eddie, Rachel Witten, devenue assistante sociale, porte plainte contre deux officiers pour usage excessif de la force envers l'un de ses protégés. La voiture de Danny et Baez est percutée par un véhicule dans le coffre duquel ils découvrent un cadavre…
S13E15 - Des hommes coriaces
Danny accompagne le Texas Ranger Waylon Gates pour escorter le parrain d'un cartel jusqu'au tribunal. Erin cherche à comprendre pourquoi une victime de viol refuse de dénoncer son agresseur, un basketteur de la NBA. Jamie et Fleming demandent à reprendre une enquête sur un trafic sexuel sur mineurs mais Frank leur oppose un refus catégorique.
S13E16 - La vérité toute nue
Jamie apprend qu’une amie d’Eddie utilise peut-être son restaurant comme couverture pour un trafic de drogue. Erin est poursuivie en justice par une ancienne collègue pour le suicide de son frère. Danny et Baez essaient d’identifier un agresseur vu par plusieurs témoins. Frank doit gérer une situation délicate : une policière possède un compte sur un site spécialisé dans les photos dénudées...
S13E17 - Au-delà des apparences
Frank est dans une position délicate lorsque sa collaboratrice Abigail se retrouve mêlée à une bagarre dans un bar. Une femme harcelée par son ex demande l’aide d’Eddie et Badillo. Face aux questions d’ordre privé d’une journaliste à la procureure Crawford, Erin demande à Anthony d'enquêter. Jamie et Danny enquêtent sur une série de carjackings impliquant un indic de Danny.
S13E18 - Que la lune de miel commence !
Après une bagarre générale lors d’un mariage au sein d’une famille de criminels, les cadeaux offerts aux mariés, dont une grosse somme d'argent, ont disparu. Danny et Baez sont chargés de l'enquête. Un policier retraité braque un commerçant qu'il accuse d’avoir vendu la drogue qui aurait tué son petit-fils. Il est arrêté par Eddie qui, après avoir entendu ses explications, décide de l'aider.
S13E19 - Jouer avec le feu
Après un incendie qui a ravagé un entrepôt de pièces à conviction, Danny et Baez vont tout faire pour empêcher le chef d'un cartel d'être relâché faute de preuves. Jamie collabore avec les pompiers pour découvrir le responsable de cet incendie. Impliquée dans un accident lors d'une manifestation anti-police, Eddie demande à Frank de la sanctionner...
S13E20 - Face à face
Frank soupçonne son ami Lenny Ross de cacher la vraie raison de son retour en ville. Danny et Baez enquêtent lorsque Baez et sa fille sont prises pour cibles. Anthony est aspiré dans les rouages d'un réseau criminel clandestin à cause de son cousin Joey.
S13E21 - Pardonne-nous nos offenses
Danny fait équipe avec son ancienne coéquipière Jackie Curatola pour enquêter sur le copycat d’un tueur qu’ils ont arrêté dans le passé. Frank et le maire se disputent sur la façon de gérer la population croissante de sans-abris de la ville. Jamie, Eddie et Erin s'associent pour arrêter un agresseur récidiviste.