Danny fait appel à la médium Maggie Gibson pour élucider le meurtre d’un enfant de 5 ans. Frank et le maire s’affrontent sur les politiques à mettre en place et le discours à tenir après des fusillades sur mineurs. Erin enquête sur une vieille affaire dans laquelle le principal témoin du meurtre est sa patronne, la procureure Kimberly Crawford, qui avait 13 ans au moment des faits.
S12E02 - Le jeu de la poule mouillée
Danny et Baez enquêtent sur l’agression d’un adolescent par un gang qui sévit depuis plusieurs semaines. Jamie récupère Eddie aux urgences et s’interroge sur les circonstances de l’incident. De nouvelles tensions apparaissent entre Frank et le maire après une arrestation publique devenue virale. Anthony recrute secrètement les Reagan pour organiser une surprise pour Erin.
S12E03 - Lâcher du lest
Sean obtient de suivre Eddie et Rachel en patrouille pour un projet de sociologie mais les choses tournent mal lorsque Sean désobéit aux ordres d’Eddie. Danny et Baez enquêtent sur le meurtre d’un livreur de repas pendant une course. Frank se voit proposer un poste de directeur de la sécurité à la NFL par son ami Lenny Ross.
S12E04 - Juste pour cette fois
Jamie doit inculper deux collègues après une enquête conjointe avec Erin et Anthony sur un bar clandestin utilisé par la police et les pompiers pour des affaires illégales. Danny et Baez doivent résoudre le meurtre d’une adolescente dans un lycée chic. Frank est contraint de sanctionner le mari d’Abigail Baker pour brutalité policière. Après une intervention compliquée, Witten envisage de quitter les forces de l'ordre…
S12E05 - Du sang sur les mains
Des tensions se font sentir entre Jamie et Eddie, après que cette dernière a accepté d’héberger son père tout juste sorti de prison. Danny et Baez passent outre leur hiérarchie pour aider un jeune homme désespéré à retrouver sa sœur disparue. Anthony demande à Erin de rouvrir une enquête lorsqu’une arme pouvant disculper une jeune femme incarcérée réapparaît. Frank et l’Archevêque Kearns s’affrontent lorsqu’un prêtre manifeste pour l’arrêt des financements de la police.
S12E06 - La Mano Sangriento
Frank provoque des tensions familiales lorsqu'il assigne Jamie sous la responsabilité de Danny pour le protéger. Le patriarche tente également d'empêcher son petit-fils Joe de se faire justice lui-même. Eddie découvre son nouveau partenaire, plutôt hostile. L’intégrité d'Erin est attaquée par la défense lorsqu'elle s'immisce dans une ancienne affaire de meurtre liée à son patron, le procureur.
S12E07 - Les chemins de la sagesse
Un ancien lieutenant sollicite l’aide de Frank car il soupçonne un homme de cambrioler des bijouteries. Après avoir assisté à une fusillade devant chez lui, Danny s’impose auprès de l’enquêtrice chargée de l’affaire malgré son statut de témoin. Une amie d'enfance de Jamie est convaincue d’avoir identifié un tueur en série.
S12E08 - L'équilibre de la terreur
Danny s'associe à Anthony lorsqu’il apprend que son cousin est lié à un double homicide. Eddie et son nouveau coéquipier ne souhaitent plus travailler ensemble. Erin remet en question les sacrifices qu'elle a faits pour sa carrière lorsqu'elle permet à une amie d’enquêter dans sa vie personnelle pour se préparer à une candidature de procureure.
S12E09 - Un coup d'avance
Frank demande l'aide d'un vieil ami, Sloane Thompson pour lutter contre une cyberattaque dont la police est victime. À cause du crash informatique, Danny et Baez sont amenés à laisser partir un suspect qui s’avère être recherché dans un autre état. Eddie tente d’aider une collègue enceinte qui préfère dissimuler son état et Jamie se fâche avec Henry.
S12E10 - D'une pierre deux coups
Une cargaison de drogue arrivée à New York oblige Danny à s'associer au Texas Ranger Waylon Gates pour trouver les stupéfiants avant qu'ils n'inondent les rues. Jamie fait une découverte inquiétante au sujet d'un ancien mentor alors qu'il aide un voisin à gérer une dette de jeu. Une bagarre entre deux officiers au sujet de la réduction du budget de la police oppose de nouveau Frank et le maire.
S12E11 - Le sosie était presque parfait
Danny poursuit Dickie Delaney, un escroc se faisant passer pour le légendaire chanteur Jimmy Buffett. Frank enquête sur un capitaine qui utilise son badge pour obtenir des marchandises gratuites dans les magasins locaux. Erin s'inquiète pour sa réputation lorsqu'elle fait l'objet de critiques sur un blog anonyme et malveillant. Jamie, quant à lui, décide de rétablir le salut à l’accueil, ce qui est loin de réjouir les officiers…
S12E12 - La stratégie Reagan
Frank est en conflit avec son ami l'archevêque Kearns : le NYPD aurait arrêté le mauvais homme pour un meurtre mais il ne peut pas briser le sceau confessionnel pour révéler l'identité du véritable tueur. Danny et Baez vont contourner les contraintes de confidentialité de l'Église pour trouver le véritable tueur. Eddie défie Erin d'obtenir justice pour une victime de viol. Jamie et son Joe sont en désaccord quant au respect des procédures sur une enquête en cours.