Alors qu'un meurtre semble lié à une chasse au trésor macabre, McGarrett doit composer avec le retour de Catherine Rollins sur l'île. Le policier se demande s'il doit s'investir dans une relation qui risque de le faire souffrir. Kono et Adam, tout juste mariés, sont quant à eux kidnappés par Gabriel. Une fois libéré, le couple se retrouve mêlé à l'assassinat de deux yakuzas. La sécurité des jeunes époux n'est pas garantie. Toute l'équipe se retrouve plus tard mobilisée lorsque les corps démembrés de plusieurs femmes sont découverts dans un bois. Un tueur en série sévit à Hawaii. Il faut à tout prix l'identifier et le mettre hors d'état de nuire.
Le Hawaii 5-0 enquête sur le meurtre d'un écrivain faisant des recherches sur les derniers pirates sévissant dans le Pacifique en 1880. Le vol d'un tableau au même moment serait lié à la recherche de leur trésor. Les agents ignorent que, pendant ce temps, Kono et Adam ont été pris en otage pendant leur lune de miel par Gabriel pour récupérer l'argent des Yakusa…
S06E02 - Lehu a Lehu
Une équipe de déminage, dépêchée après un appel anonyme, s'avère la véritable cible d'une bombe. Alors qu'une nouvelle alerte est donnée, McGarrett et son équipe découvrent une vidéo menaçant d'autres explosions si l'incendiaire Jason Duclair, arrêté par le 5-0 quelques mois plus tôt, n'est pas libéré de prison. Par ailleurs, Adam commence sa convalescence à domicile, mais Kono s'aperçoit rapidement qu'ils sont surveillés…
S06E03 - Ua 'o'oloku ke anu i na mauna
La mort accidentelle d'un plongeur avec un pistolet trouvé au fond de l'Océan conduit le 5-0 à un autre corps, tué par la même arme. Deux Yakuzas sont retrouvés morts dans une voiture devant le domicile de Kono et Adam ; ces meurtres étant directement liés à Gabriel. Par ailleurs, McGarrett est prêt à demander Catherine en mariage, encore faut-il qu'elle reste à ses côtés…
S06E04 - Ka Papahana Holo Pono
Le corps d'un magnat de l'immobilier qui avait disparu de la circulation depuis plus de 20 ans est retrouvé en forêt. Reclus depuis les années 80, l'homme était sorti de sa cachette pour mener une transaction qui semble avoir tourné court à propos d'un tableau de maître… Le 5-0 fait appel à Gérard Hirsch, spécialisé dans le domaine.
S06E05 - Ka 'alapahi Nui
Un chef d'entreprise est abattu devant sa femme et sa fille alors qu'il s'apprêtait à faire une déposition pour répondre de détournements de fonds. Le 5-0 remonte la piste du tueur à gage, membre d'un groupe de motards armés et petit ami de la fille de la victime…
S06E06 - Na pilikua nui
Le 5-0 recherche un tueur en série après la découverte de plusieurs femmes à qui le meurtrier a prélevé des parties de leur corps. Par ailleurs, en pleine période d'Halloween, l'équipe est mobilisée sur le braquage d'un centre de don du sang…
S06E07 - Na Kama Hele
Steve a rencontré une jeune femme, Lynn, avec qui il part faire une excursion sur une petite île. Ils découvrent un avion caché en forêt et sont alors pris en chasse par un homme armé. Pendant ce temps, Chin Ho, Kono et Grover assistent à un match de football et doivent déjouer un kidnapping avant la fin de la rencontre…
S06E08 - Piko Pau 'iole
Steve et son équipe enquêtent sur un double meurtre dans un hôtel, dont la compagne d'un escroc, en visite sur l'île pour arnaquer des touristes. Chin Ho fait équipe avec Abby Dunn, venue observer le fonctionnement du 5-0, à propos d'un réseau chinois de trafic d'armes. Adam, lui, est toujours en prise avec les Yakusa…
S06E09 - Hana Keaka
Envoyés sous couverture à l'université pour résoudre le meurtre d'un professeur, Danny incarne un enseignant tandis que son neveu Éric joue l'étudiant. Par ailleurs, Steve apporte son aide à un jeune homme dont le père, tout juste sorti de prison, veut récupérer la garde…
S06E10 - Ka Makau Kaa Kaua
Le 5-0 enquête sur le meurtre du frère d'un champion de boxe hawaïen, la veille d'un important combat auquel assistent les trois plus grands chefs criminels de l'île. Cette affaire mène à nouveau les agents à Gabriel Waincroft. Par ailleurs, Adam se prépare à purger sa peine de 18 mois de prison pour le meurtre des deux Yakusas…
S06E11 - Kuleana
Après le meurtre d'un ancien dealer lié au passé de Kamekona, Chin Ho le sollicite pour piéger son ancien associé, suspecté du crime. Pendant ce temps, Steve et Danny partent en séminaire le temps d'un week-end pour travailler sur leur relation professionnelle…
S06E12 - Ua Ola Loko I Ke Aloha
L'enquête sur un jeune garçon blessé par balles conduit le 5-0 à découvrir un bunker de la Seconde Guerre mondiale. Devenu un refuge pour espions japonais après Pearl Harbor, l'endroit abritait des explosifs sur lesquels le 5-0 doit vite remettre la main. Par ailleurs, Steve et sa sœur Mary Ann passent du temps avec leur tante Deb après la mort de son mari…
S06E13 - Umia Ka Hanu
Lou fait cavalier seul à Chicago pour obtenir par la force les aveux de son ancien meilleur ami et équipier, Clay Maxwell, sur le meurtre de sa femme. Sur l'île, Danny et Steve font un pari avec Kono et Chin sur l'itinéraire le plus rapide pour gagner le 5-0 depuis la plage. Mais à l'arrivée, les deux cousins manquent à l'appel…
S06E14 - Hoa 'inea
Au lendemain de la Saint-Valentin, les agents du 5-0 enquêtent sur une tentative de meurtre probablement due à une infidélité, tout en comparant leur soirée désastreuse de la veille…
S06E15 - Ke Koa Lokomaika'i
Alors que Danny passe du temps avec sa mère, tous deux sont interrogés par le FBI au sujet de son frère décédé Matthew, avec qui ils seraient entrés en contact alors qu'il était recherché par les autorités. Pendant ce temps, les agents du 5-0 enquêtent sur le meurtre d'un gardien de parking, qui les conduira jusqu'à leur ennemi juré, Gabriel Waincroft…
S06E16 - Ka Pohaku Kihi Pa'a
Sang Min est accusé d'un meurtre qu'il jure n'avoir pas commis. Steve demande à son coiffeur, ancien avocat, de le défendre. L'affaire semble compromise lorsqu'un second cadavre est retrouvé... Sang Min a-t-il été piégé, ou a-t-il assassiné ces deux hommes ?
S06E17 - Waiwai
Un homme, Tommy Luana se fait renverser par une voiture alors qu'il fuyait quelqu'un. Celui-ci est emmené à l'hôpital pour être opéré d'urgence. Mais il se fait tuer dans la salle d’opération, ainsi que le chirurgien et les infirmières du bloc opératoire, par une tueuse professionnelle déguisée en chirurgienne. Le 5-0 enquête.
S06E18 - Kanaka Hahai
Deux naufragés sont retrouvés sur la côte ; l'un d'eux n'ayant pas survécu à ses blessures par balles. Leur enquête va mener le 5-0 à découvrir un trafic d'êtres humains, exploités sur un bateau de pêche illégal. De son côté, Danny, en sortie avec les enfants dans un bus scolaire, prend en chasse deux braqueurs qui ont volé sa voiture…
S06E19 - Malama ka Po'e
Lou, sa femme et leurs deux enfants disparaissent brutalement après que Steve l'ait aperçu dans une conversation animée avec un inconnu. Le 5-0 découvre que l'homme est un agent du FBI, venu exfiltrer la famille Grover à cause d'une mission sous couverture de Lou, des années plus tôt à Philadelphie…
S06E20 - Ka Haunaele
Jerry accueille sa soeur Isabel, étudiante en droit et activiste pour la cause animale, au moment même où un éléphant a été libéré d'un cirque sur l'île. Par ailleurs, le 5-0 enquête sur le vol d'une combinaison indestructible développée pour l'armée et dont le prototype a coûté 80 millions de dollars…
S06E21 - Ka Pono Ku'oko'a
Un car de prisonnier est détourné et a un accident en plein milieu de la jungle hawaïenne. Alors qu'elle enquête pour découvrir qui est encore en vie, l'équipe découvre que certains détenus se sont évadés. Adam fait partie du lot.
S06E22 - I'ike Ke Ao
Une baby-sitter est enlevée, et le bébé qu'elle surveillait est laissé sur place. L'équipe du 5-0 doit découvrir les motifs du kidnapping avant de pouvoir la retrouver. Kamekona s'est acheté un bateau pour lancer une nouvelle affaire.
S06E23 - Pilina Koko
Le meurtre d'une certaine Vanessa Diaz dans sa maison et l'agression de Hirsch au même endroit dirige l'équipe vers Michelle Shioma et Gabriel Waincroft. Chin Ho découvre un nouveau membre de sa famille et est blessé par balle en tentant de la sauver.
S06E24 - Pa'a ka 'ipuka i ka 'upena nananana
L'équipe est en train d'essayer d'exfiltrer Gabriel Waincroft alors qu'il s'est fait tirer dessus quand les yakuzas les prennent en chasse.
S06E25 - O ke ali’I wale no ka’u makemake
Pour démanteler le trafic d'une drogue ayant causé la mort de plusieurs personnes à Hawaii, Steve et Danny infiltrent le réseau et se font passer pour un pilote et son mécanicien. En vol, les deux agents et le dealer essuient des tirs et Steve est gravement blessé, obligeant Danny à procéder à un atterrissage d'urgence…