Dawson revient de ses vacances à Philadelphie avec sa mère. Il rencontre une très belle jeune femme, Eve. Cette rencontre le trouble et change l'ordre de sa petite vie. Joey qui a rompu avec Dawson réalise qu'elle est toujours bouleversée par cette rupture quand elle aperçoit Dawson...
S03E02 - L'Expérience inédite
Dawson est embauché par son père et le principal du collège pour produire un film sur le football. Pacey demande de l'aide à Joey pour ramener Andie à Capeside mais cela ne se passe pas comme il l'avait prévu. Jack va être surpris par l'arrivée de son père qui semble vouloir se rapprocher de lui et de mieux le comprendre...
S03E03 - Tricheur, tricheur
Dawson est stupéfait quand Eve lui montre les sujets des examens. Tout le monde est tenté de tricher y compris Joey dont la carrière scolaire dépend beaucoup de ses notes au test et Andie qui se bat pour être accepter à Harvard. A cause de sa mauvaise réputation, Pacey est accusé d'avoir volé les sujets. Jack accuse l'équipe de football de le molester uniquement parce qu'il est homosexuel...
S03E04 - L'Étoffe du héros
Dawson doit réaliser un film pour la station télé où travaille sa mère avec Jack comme vedette. Mitch s'y oppose fermement, par peur que cela ne nuise au bon déroulement du prochain match. Joey et Pacey se retrouvent complices quand ils payent le fait d'avoir sécher les cours. Andie commence à avoir peur quand elle apprend que le principal veut la rencontrer. Jennifer fait tout pour se remuer comme délégué de classe mais elle est très vite déçue...
S03E05 - Les Demoiselles de Capeside
Dawson joue au détective pour connaître les vraies raisons de la présence d'Eve à Capeside. Mais les secrets qu'il pourrait découvrir risque de changer le cours des choses. Pour rendre Joey jalouse, Rob sort avec Andie. Jack organise un rendez-vous entre Henry et Jen, malgré son refus de celle-ci...
S03E06 - Miss Jenny et son chauffeur
Dawson ne sait pas s'il doit raconter à Jen ce qu'il sait sur le secret d'Eve. En plus il est troublé par le retour de sa mère à Capeside. Andie accuse Joey de saborder se chance d'être réuni avec Pacey. Jen choque la ville toute entière quand elle présente un spectacle, lors de l'élection de la Reine de l'année...
S03E07 - La Peur aux trousses
Au 17ème siècle, 13 femmes furent brûlées jusqu'à la mort, sur l'île de Witch Island. La rumeur aujourd'hui dit qu'elle est hantée par les fantômes des 13 sorcières. Dawson et toute l'équipe décident d'aller faire un documentaire sur la mystérieuse île, pour un devoir d'Histoire. Ils découvrent 13 tombes et le journal intime d'une femme disparue, qui attendait que son fiancé vienne la sauver, avant d'être tuée. Parallèlement Joey se pose toujours des questions à propos de ses relations avec Dawson tandis que le reste de l'équipe commence vraiment à s'inquiéter quand ils se retrouvent piégés dans la forêt alors que le crépuscule fait son apparition...
S03E08 - La Grosse bouffe
Pour la fête de Thanksgiving, chaque personne du groupe décide d'amener son invité. Jen arrive avec sa mère et c'est le retour à beaucoup de conflits. Andie et Pacey se retrouvent pour la première fois dans la même pièce depuis leur dernière dispute. Dawson voyant ses parents à nouveau réunis espère qu'ils pourront redevenir une vraie famille, mais les parents lui confient que leur divorce a été prononcé...
S03E09 - Petit dancing
Jack fait une rencontre romantique sur internet. Dawson découvre un préservatif dans sa chambre et se met à croire que Joey et Pacey ont eu une liaison. Il devient très jaloux. Pendant ce temps-là, une compétition de tango se prépare au collège...
S03E10 - Les Quatre filles du docteur
Dawson, Joey, Andie et Jack vont passer un week-end dans une prestigieuse université à Boston. Le film qu'a réalisé Dawson, "Escape From Witch Island", est en compétition au festival du film quia lieu dans cette université. Joey fait la connaissance d'un garçon qui fait connaître un peu la vie dans un campus. Jack décide avec appréhension de plonger dans les tumultes de la vie nocturne. Andie voudrait bien s'inscrire mais elle se retrouve confrontée à un terrible obstacle...
S03E11 - Les Grandes illusions
Dawson découvre qu'il a un concurrent, un jeune metteur en scène. Y a-t-il un réalisateur de trop à Capeside ? Andie décide que la meilleure façon d'oublier Pacey est d'être tout le temps très occupé à travailler. Elle occupe alors une place au théâtre du campus. Mais par hasard, Pacey se retrouve comme acteur principal d'une pièce. Jack découvre qu'avoir un rendez-vous amoureux n'est pas une chose facile, que l'on soit homo ou pas...
S03E12 - Dans la froideur de la nuit
Joey et Bessie se retrouvent dans une situation particulièrement précaire. Elles pouraient même perdre leur maison. Le petit groupe décide alors d'aider Joey. Jen doit faire face aux démons de son passé. Elle décide de s'en aller de Capeside. Dawson essaye de résister à l'après divorce de ses parents. Pacey se rend compte que ses sentiments envers Joey sont de plus en plus profonds...
S03E13 - Le Pacey Aurore Picture Show
Alors que la première de la pièce de théâtre de l'école est pour bientôt, les dernières répétitions se passent mal : Pacey est, en effet, pris de panique...
S03E14 - Gardes à vue
Alors que Matt organise une fête à l'occasion de la Saint-Valentin, Joey accepte, à contrecoeur, d'y assister, afin d'éviter des ennuis à Dawson...
S03E15 - Le Mauvais goût des autres
Pacey se réfugie chez Doug, car depuis que sa soeur a débarqué à la maison avec ses trois enfants, il est banni de sa chambre...
S03E16 - Démission impossible
La communauté de Capeside se mobilise pour le recteur Green, menacé de renvoi...
S03E17 - Nurse Pacey
A Capeside, Pacey est désigné pour s'occuper de Buzz Thompson...
S03E18 - Les Petits randonneurs
Après avoir reçu un baiser de Pacey, Joey, un peu gênée, le repousse. Ce dernier lui rétorque qu'il ne s'agissait que d'une impulsion. Du coup, les deux jeunes gens se disputent. Pacey va se confier à Doug, tandis que Joey en parle à Bessie...
S03E19 - On connaît bien la chanson
Dawson et Joey invitent Andie et Jack à venir avec eux chez la tante Gwen. Jack se décommande et Pacey aimerait le remplacer...(introduction du personnage de Will Krudski de la série Young Americans)
S03E20 - Une Journée sans fin
Tandis qu'ont lieux les préparations du "baptême" du nouveau bateau de Pacey, celui-ci décide de tout dire à Dawson de sa liaison avec Joey. Mais celui-ci s'en doutait déjà...
S03E21 - Règlement de comptes à OK Capeside
La grande course de bateaux va avoir lieu et quand Dawson apprend que le «Lerry fresh fish» est sponsorisé par Pacey, il décide d'y participer en fournissant les fonds nécessaires au «Potter B&B». Parallèlement, Henry, qui s'est disputé avec Jen, se promène devant la maison de la jeune fille, en brandissant un panneau sur lequel il a écrit «Jen, peux-tu me pardonner ?». Will se rend chez Andie et lui annonce qu'il a été admis dans une école privée mais qu'il s'inquiète à propos de Pacey. De leur côté, Gale et Mitch échangent un long baiser
S03E22 - Tenue correcte exigée
Dawson et Joey obéissent à la promesse qu'ils s'étaient faite il y a longtemps : aller ensemble au bal des étudiants...
S03E23 - Mariés à tout prix
Tandis que Dawson se prépare au remariage de ses parents, Pacey pense à s'offrir un voyage à bord de son bateau aux prochaines vacances d'été...