Des agents de sécurité de la planète Kalafatix débarquent sur Terre pour arrêter tous les extraterrestres qui ont commis des infractions sur leur planète...
S03E02 - L'affaire du vaisseau englouti
Alpha, toujours plus monstrueux, réapparaît au pôle Sud à la recherche d'un bio-vaisseau qui lui permettra de dominer la galaxie...
S03E03 - L'affaire de la chambre forte
Les MIB sont chargés d'arrêter un trafic d'armes qui s'étend sur plusieurs galaxies. Franck, le chien, tente de les aider à sa manière inimitable.
S03E04 - L'affaire Atlantide
L'île engloutie de l'Atlandide sert aujourd'hui de lieu de villégiature aux riches aliens. C'est également le site qu'a choisi le terrible Quintoon pour préparer sa conquête de la galaxie...
S03E05 - L'affaire Diamond Back
Afin de sauver la terre d'un métophite, véritable réacteur nucléaire vivant, le MIB envoie ses agents en 1869. Ils sont à la recherche d'un cocon nucléaire en plein Far West...
S03E06 - L'affaire des petits de la reine
De gigantesques insectes arrivent sur Terre. Ils se sont procuré des costumes d'humains. Le MIB part à leur recherche...
S03E07 - L'affaire du réacteur
Un incident met en péril la centrale nucléaire du MIB. Les Worms, qui en avaient la surveillance, sont condamnés à l'exil. J a pourtant le sentiment qu'ils sont innocents...
S03E08 - L'affaire du cristal à flux ionique
Une centrale nucléaire est cambriolée et des bâtons d'uranium dérobés. Les Darkons, des ombres vivantes maléfiques, mettent au point une arme diabolique qui, à partir de la prochaine éclipse, plongerait le monde dans l'obscurité éternelle...
S03E09 - L'affaire Alpha
K et J travaillent pour le service top secret «Men in Black». Leur mission : protéger la Terre. K est le vétéran du service, alors que J est le petit nouveau. A eux deux ils forment l'équipe de choc de «MIB».
S03E10 - L'affaire du canon rétrécisseur
Les Fnecs volent les monuments les plus connus de New York comme le pont de Brooklyn et la statue de la Liberté. Le MIB fait le maximum pour les en empêcher...
S03E11 - L'affaire du sceptre de Seclarien
Alors que trois planètes entrent en conjonction, une momie s'éveille dans le musée d'Histoire naturelle et s'enfuit. Le MIB va devoir la poursuivre jusqu'en Egypte...
S03E12 - L'affaire de l'hypospray
Le MIB accueille un ambassadeur stellarien et sa fille. Ils ne supportent pas l'atmosphère de la Terre et doivent prendre un médicament spécial pour ne pas vieillir trop vite...
S03E13 - L'affaire des robots costumés
Alors que le taux de pollution provoque de nombreuses allergies dans la ville de New York, le MIB organise un comité d'accueil pour un alien non identifié. Mais cet extraterrestre leur file entre les mains et entre dans un fast-food...
S03E14 - L'affaire des insectes géants
Après une course effrénée qui se termine par un accident avec la voiture de K, J est exclu des MIB. Il perd la mémoire des trois années passées comme agent spécial et retourne à la vie civile...