De petits terroristes extraterrestres volent des déguisements humains qui permettent aux Arquilliens de se transformer et de se rendre sur Terre...
S02E02 - L'affaire du symbiote
Troy, le symbiote, revient parmi les MIB. Il est aussitôt kidnappé par le malfrat Alpha qui l'oblige à entrer dans sa ménagerie d'organes extraterrestres...
S02E03 - L'affaire des clones de J
J se sent fatigué. Il demande à Elle de le cloner afin qu'il puisse se reposer. Mais les clones sont instables et leur durée de vie limitée...
S02E04 - L'affaire de l'évadé
Drekk, un criminel extraterrestre, a fui sur Terre après s'être échappé d'une prison intergalactique. K et J découvrent que Frank connaît Drekk. Ils l'encouragent à les aider...
S02E05 - L'affaire de la vengeance des punaises
La reine des punaises veut venger la mort d'une de ses enfants sur Terre. Elle met la tête de l'agent Elle à prix...
S02E06 - L'affaire Jack la lanterne
Barthok, le trafiquant d'esclaves, est pris pour un esprit maléfique en raison de sa tête taillée en forme de citrouille. Les doutes concernant le surnaturel se répandent...
S02E07 - L'affaire de l'enlèvement du Père Noël
Un chasseur de prime extraterrestre enlève le Père Nöel. Ses elfes viennent se plaindre au MIB qui prend l'affaire en main...
S02E08 - L'affaire de la voix fatale
Eileen, le policier extraterrestre, revient sur Terre accompagné de son nouveau partenaire, Eddie. Ils escortent un prisonnier Auduzi, qui utilise sa voix comme une arme...
S02E09 - L'affaire du sérum de vérité
Un alien apporte sur Terre une plante se reproduisant très vite et bien décidée à asservir tous les habitants de la planète...
S02E10 - L'affaire de la formule de croissance
Des extraterrestres de la taille d'un pouce veulent envahir la Terre. Pour cela, ils projettent d'enlever un scientifique qui les fera grandir...
S02E11 - L'affaire des pirates de l'espace
Le MIB fait atterrir dans sa base un vaisseau attaqué par des pirates. A l'intérieur, se trouve un engin lumineux auquel J, K et L vont être exposés...
S02E12 - L'affaire des acteurs
Des aliens sont utilisés comme acteurs dans des films à Hollywood. Trois comédiens très connus disparaissent. Leur imprésario fait appel au MIB...
S02E13 - L'affaire de la lentille
Alpha, un renégat du MIB, prend possession du rayon du MIB situé dans l'espace. K et J vont l'affronter dans l'espace...