L’équipe de Brennan est bien décidée à continuer son enquête sur la conspiration qui se trame au sein du FBI. De son côté, Booth, tout juste sorti de prison, replonge dans son addiction aux jeux. Alors que Brennan est à nouveau enceinte, le couple devra tenir le choc pour ne pas mettre en péril son mariage.
Brennan et l'équipe de l’institut Jefferson tentent désespérément d’obtenir la libération de Booth, de rétablir sa réputation, mais aussi de l’absoudre des crimes qu’il n’a pas commis. Ils savent que la seule façon pour eux de réussir, est de terminer ce que Booth a commencé, et surtout de démasquer celui qui se cache derrière ce complot au sein du FBI. De plus, les restes d'un homme mort depuis 16 ans pourraient bien être le point d'origine de cette conspiration gouvernementale. Tout au long de cette expérience, Brennan et Booth vont voir leur relation mise à dure épreuve. Enfin, Daisy et Sweets ont une surprise pour le reste de l’équipe du Jefferson...
S10E02 - La Conspiration (3/3)
Sweet a été assassiné dans le cadre de l'enquête sur la conspiration au sein du FBI. Booth, l'agent James Aubrey et toute l'équipe de l'institut, bien que très affectés par le décès de leur ami, poursuivent les investigations et découvrent que cette conspiration est liée aux dossiers secrets de J. Edgar Hoover…
S10E03 - Deux nuances de Booth
L'animateur d'une émission de radio, connu pour ses propos radicalement conservateurs, est retrouvé mort sous un pont, et les indices sont contradictoires. L'agent Aubrey se montre très insistant pour collaborer avec Booth mais celui-ci n'est pas encore prêt à remplacer Sweets...
S10E04 - Game over
Booth et Brennan enquêtent sur la mort d'un jeune créateur de jeux vidéo. Pour les aider, l'Institut Jefferson accueille Jessica Warren, une nouvelle interne issue d'une coopérative éducative, ce qui ne manque pas de troubler Brennan, à la recherche du meilleur système scolaire pour sa fille Christine. Pendant ce temps, Booth et l'agent Aubrey assistent à la création des scènes de combats d'un jeu vidéo pour tenter d'identifier le meurtrier...
S10E05 - Retour de flamme
Invitée d'honneur à un congrès de sciences médico-légales, Bones est interrompue en plein discours lorsqu'un cadavre en feu est découvert dans un local. L'enquête est menée sur place par les membres de l'institut Jefferson, et tous les participants font figure de suspects, y compris Hodgins à qui la victime avait volé son invention à l'université…
S10E06 - Par-delà la mort et l'enfer
L'enquête sur la découverte d'un corps conduit Booth et Temperance jusqu'à un trafic d'êtres humains. D'origine chinoise, la victime était venue retrouver l'homme qu'elle aimait et travaillait comme employée de maison aux côtés d'autres femmes maltraitées par l'homme possédant l'agence de placement…
S10E07 - Traders
Le corps d'un trader est retrouvé coincé sous le tourniquet d'une aire de jeu. Brillant élément, la victime venait pourtant de faire perdre quelques 8 millions de dollars à sa société et ses collaborateurs. Par ailleurs, Bones et Booth doivent s'entendre sur l'éducation de leur fille après qu'elle a prononcé son premier gros mot…
S10E08 - Le seigneur des mots croisés
L'institut Jefferson et le FBI enquêtent sur la mort du « seigneur des mots croisés », dont les os ont été endommagés par de l'acide. Par ailleurs, Bones, Angela et Camille tentent de sortir Daisy de l'influence qu'exerce sur elle une doula à la veille de son accouchement…
S10E09 - Manipulation
Le corps d'un professeur de psychologie, disséminé dans plusieurs endroits de l'État, donne du fil à retordre à Bones. L'homme menait des recherches sur l'obéissance aveugle avec des expérimentations plutôt controversées. Pendant que Booth reste au FBI pour réviser le code de la route, Wendell engage une relation avec une infirmière après la fin de son traitement.
S10E10 - La femme qui en savait trop
Dans les années 50, la sténographe Temperance Brennan travaille au sein de la police de Los Angeles. Malgré la mise à pied de son père, le chef de la police, pour avoir désobéi à ses ordres, l'inspectrice tenace va faire alliance avec un cambrioleur de haut-vol, Seeley Booth, pour le disculper du meurtre d'une femme riche dont les os ont été retrouvés dans son coffre-fort.
S10E11 - Esprit es-tu là ?
Le corps d'une jeune femme est retrouvé dans un tronc d'arbre. Fille de pasteur et homosexuelle, la victime était également médium. Avalon Harmonia vient apporter son expertise discrète, et affirme par ailleurs être en contact avec Sweet, qui aurait célébré ses 30 ans…
S10E12 - L'égalité des chances
Une jeune assistante d'éducation est retrouvée morte dans une librairie abandonnée. Très impliquée dans son travail, la victime aidait des enfants défavorisés mais Caroline tient à ce que l'enquête ne ternisse pas davantage l'image de ces quartiers difficiles. Encouragée par Booth et son éditrice, Bones accepte de créer un compte twitter…
S10E13 - Le crime dans la peau
Un ex-détenu trouve la mort dans l'explosion d'une mine désaffectée. La victime, qui avait intégré un programme de réinsertion dans une boulangerie, avait semble-t-il réussi à s'échapper avant d'être poursuivie par son tortionnaire… Par ailleurs, Camille est bouleversée par le probable départ d'Arastoo pour l'Iran où il doit rendre visite à son frère atteint d'un cancer incurable.
S10E14 - Le dernier parcours
Dans le cadre d'une enquête sur le meurtre d'un joueur de mini-golf, Booth et Brennan interrogent ses possibles rivaux, qui s'affrontent lors d'un tournoi très compétitif. Par ailleurs, Temperance soupçonne son père de lui cacher quelque chose ; une crainte confirmée lorsque Max est arrêté pour avoir pillé la tombe d'un fugitif recherché par le FBI…
S10E15 - Cercle infernal
Bones découvre qu'elle est à nouveau enceinte et tous deux décident de garder le secret pour l'instant. La joie de l'anthropologue est néanmoins assombrie lorsque Booth, pour les besoin d'une enquête sur le meurtre d'un joueur de poker, doit infiltrer le milieu malgré son addiction au jeu…
S10E16 - Chili sin carne
Chili Reuben, présentateur star d'une émission culinaire, a été assassiné. Parmi les derniers établissements visités, le « Royal Diner », dans lequel Booth et Bones ont leurs habitudes, avait récolté de sévères critiques de l'animateur... Par ailleurs, Hodgins apprend que son invention de revêtement anti-casse va être commercialisée, lui promettant une belle fortune à venir.
S10E17 - Trop jeune pour mourir
Une jeune et brillante élève d'une école privée est retrouvée morte après avoir disparu depuis plusieurs jours. Solitaire et harcelée par ses camarades, la jeune fille aurait été kidnappée et poignardée. Cette affaire touche personnellement Bones, qui reconnaît en la victime la jeune fille qu'elle était.
S10E18 - 48 heures chrono
Avant l'exécution d'Alex Rockwell, condamné pour les meurtres de trois anciens détenus grâce aux preuves apportées par l'institut Jefferson, Bones reprend tous les indices et découvre qu'elle a commis une erreur. L'homme souffrait de lésions osseuses rendant impossibles ces crimes. L'équipe n'a que 48 heures pour l'innocenter à temps et identifier le vrai coupable…
S10E19 - Un thé à Téhéran
Parti en Iran pour rendre visite à son frère, Arastoo se fait kidnapper par les hommes d'un membre très puissant du gouvernement. Ce dernier lui demande de déterminer la cause du décès de son fils, dont le meurtre a été maquillé en accident. Camille et Booth se rendent à Téhéran tandis que Bones, restée auprès de sa fille, reçoit la visite menaçante du bookmaker de son mari…
S10E20 - La collectionneuse
Mise en danger par les paris sportif de Booth, Brennan demande à son mari de quitter le domicile conjugal. Malgré cette séparation perturbante pour tout le monde, l'équipe doit résoudre le meurtre d'une collectionneuse de boîtes à cookies dont le corps a été retrouvé dans une rivière…
S10E21 - Par bonté d'âme
Le corps d'un ancien détenu, reconverti en professeur de yoga après avoir appartenu à un gang de motard, est retrouvé dans une forêt incendiée. Booth et Brennan sont sur la voie de la réconciliation alors que Seeley va fêter ses 30 jours d'abstinence au jeu. De leur côté, Angela et Hodgins décident de s'installer à Paris pour changer de vie…
S10E22 - Ce n'est qu'un au revoir
À une semaine du départ d'Angela et Hodgins pour Paris, Bones convainc Booth qu'il est également temps pour eux de changer de vie, entre l'arrivée du bébé et les épreuves endurées cette année. Leur dernière affaire fait alors ressurgir l'ombre de Christopher Pelant lorsqu'un corps écorché est retrouvé planté sur un obélisque dans une mise en scène rappelant les modes opératoires du tueur psychopathe…