Grand moment pour Yumi, Kadic, Ulrich et Odd : Aelita vient vivre au collège avec eux. Mais la vie terrestre ne va pas être de tout repos.
S02E02 - Terre inconnue
En enquêtant sur la maison où Aelita a des visions, Jeremy découvre qu'elle appartenait à un certain Franz Hopper, ancien professeur au Collège Kadic.
S02E03 - Exploration
Après la découverte de l'entrée du cinquième territoire, les héros décident de l'explorer pour savoir ce qui s'y trouve. Ils vont se retrouver face à des pièges.
S02E04 - Un grand jour
XANA a pris le contrôle du programme «retour dans le temps» du Supercalculateur. Les héros ne comprennent d'abord pas pourquoi.
S02E05 - Mister Pück
Depuis qu'elle a visité la maison de l'Ermitage, Aelita est assaillie par des visions angoissantes. Ces derniers jours, elle ne peut même plus dormir.
S02E06 - Saint Valentin
A la Saint-Valentin, Yumi et Ulrich se fâchent à cause de William. De son côté, Aelita reçoit un joli collier. Elle est persuadée que ce cadeau vient de Jérémie.
S02E07 - Mix final
Remplaçant au pied levé un DJ pour une grande soirée au Collège Kadic, Aelita se révèle être une championne de la musique électronique.
S02E08 - Chaînon manquant
En voulant sauver Aelita d'une attaque de la Méduse, Yumi se retrouve aux prises avec le monstre. Jeremy constate que Yumi ne peut plus être dévirtualisée.
S02E09 - Les jeux sont faits
Yumi et ses parents vont déménager. Monsieur Ishiyama est muté et ils ne sont pas assez fortunés pour attendre un autre travail dans la ville où ils résident.
S02E10 - Marabounta
En décryptant une partie du journal de Franz Hopper, Jérémie tombe sur une théorie. Ainsi, un petit programme isolé est incapable de la moindre créativité.
S02E11 - Intérêt commun
La pile nucléaire qui fait fonctionner le supercalculateur est à court de combustible. XANA prend le contrôle d'un bandit pour voler de l'uranium.
S02E12 - Tentation
Depuis quelque temps, Jérémie agit de plus en plus bizarrement. Il insiste pour recourir aux retours dans le temps contre l'avis de ses amis.
S02E13 - Mauvaise conduite
Au collège Kadic, les élèves sont en apprentissage du code de la route. L'objectif est de familiariser les adolescents avec les règles de la conduite.
S02E14 - Contagion
XANA se sert de Kiwi pour diffuser un virus qui transforme les humains en zombies. Ces derniers ont pour unique objectif d'anéantir les héros.
S02E15 - Ultimatum
XANA a pris le contrôle du Proviseur, qui kidnappe Yumi et Odd et lance un ultimatum à Jérémie. Si Aelita ne se rend pas sur Lyoko, Odd et Yumi seront supprimés.
S02E16 - Désordre
Après une mission sur Lyoko, les héros se rematérialisent dans les scanners. Mais un dysfonctionnement du programme a échangé les personnalités de Yumi et Odd.
S02E17 - Mon meilleur ennemi
Au collège, Aelita surprend Jérémie en train d'embrasser Heidi. Yumi voit Ulrich échanger un baiser avec Sissi. Jérémie découvre Aelita sortant avec Nicolas.
S02E18 - Vertige
Ulrich est sujet au vertige mais il n'a jamais osé l'avouer à ses amis. Au cours d'un concours d'escalade, il est humilié par William sous les yeux de Yumi.
S02E19 - Guerre froide
Utilisant un relais de la télévision nationale, XANA fait jaillir des spectres des antennes. Une tempête de neige éclate et la température chute rapidement.
S02E20 - Empreintes
Aelita est à nouveau sujette à d'étranges visions, qui semblent provenir d'un passé qu'elle n'a pas connu. Il s'agit en fait d'un plan de XANA.
S02E21 - Au meilleur de sa forme
Une visite médicale a lieu au Collège Kadic. Yolande, l'infirmière, se retrouve sous le contrôle de XANA et capture Aelita. Son but est de rejoindre Lyoko.
S02E22 - Esprit frappeur
Après avoir entendu des bruits étranges dans la chaufferie, Sissi est certaine que le Collège Kadic est hanté. XANA fait alors apparaître un spectre...
S02E23 - Franz Hopper
Un homme se présente au labo et prétend être Franz Hopper. Les héros sont abasourdis. En réalité, il s'agit d'un spectre de Xana à l'apparence humaine.
S02E24 - Contact
Les héros sont aux prises avec Sissi, qui agit étrangement. Il s'avère qu'une autre entité a pris le contrôle de Sissi et veut entrer en contact avec la bande.
S02E25 - Révélation
Afin de décrypter le journal de Franz Hopper, Jeremy active à nouveau une tour. Alors qu'Aelita transfère les données, Xana tente de reprendre le contrôle.
S02E26 - Réminiscence
Grâce au journal de Franz Hopper enfin décrypté, Jeremy a découvert quelle est la nature du virus qui lie Aelita à Xana.