Michael travaille à nouveau pour la CIA, sous les ordres d'Andrew Strong. Sa mission consiste à approcher Randall Burke, soupçonné d'organisé des opérations terroristes à travers le monde, et démanteler son réseau.
Un terroriste recrute Michael afin qu'il l'aide à infiltrer une installation de la Défense. A Miami, Sam et Jesse cherchent des réponses après avoir appris que la vie de Michael pourrait être en danger.
S07E02 - Loin des yeux, loin du cœur
Michael revient à Miami pour traquer celui qui essaie de faire sauter sa couverture. Il lui est interdit d'entrer en contact avec son équipe.
S07E03 - Coup de poker
Sam et Jesse se rendent en République Dominicaine pour aider Michael dans le cadre d'un marché avec des enjeux importants. Fiona intervient quand un bookmaker cherche à extorquer de l'argent à Madeline.
S07E04 - Frères d'armes
Michael doit aider à faire évader un prisonnier détenu sur un site clandestin russe à Cuba. Fiona et Madeline tentent de confondre un bureaucrate corrompu.
S07E05 - En territoire ennemi
Michael est contraint de joindre ses forces à celles d'un ancien agent russe de l'organisation de Burke pour s'échapper de Cuba. Strong, de son côté, essaie de convaincre Fiona d'aider Michael.
S07E06 - Tout ou Rien
Michael lutte contre ses sentiments en travaillant avec Fiona afin de détruire des informations à la demande de Sonya. Pendant ce temps, Sam et Jesse aident Barry à retrouver une ancienne petite-amie.
S07E07 - L'Instinct du tueur
Michael rencontre enfin le chef de l'organisation terrorriste qu'il a pour mission de démanteler mais les choses se corsent quand celui-ci le drogue sous la menace d'une arme afin d'apprendre ses secrets les plus enfouis. Risquant de faire sauter sa couverture, Michael se rend vite compte que pour protéger son avenir... il doit d'abord faire face à son passé.
S07E08 - Exfiltration
Michael court après un trafiquant de drogue sur ordre de l'organisation qu'il essaie de démanteler. Pendant ce temps, Fiona, Jesse et Sam visitent un hôpital psychiatrique, à la recherche d'informations sur James.
S07E09 - Le Goût de l'amertume
L'équipe cherche un antidote dans le laboratoire du fabriquant afin de sauver un diplomate du Moyen-Orient qui a été empoisonné. Pendant ce temps, Madeline prend les choses en main quand elle s'aperçoit qu'elle est suivie.
S07E10 - Un ami qui vous veut du mal
Michael apprend qu'un vieil ami est en train de déterrer des secrets qui pourrait mettre en péril l'organisation de James. De leur côté, Sam et Jesse sont pris dans une guerre des rues après que le petit-ami de Fiona, Carlos, ait été pris pour cible.
S07E11 - L'Ironie du sort
Michael n'est pas d'accord avec sa mission. Il doit s'envoler pour Mexico avec Sonya afin d'aider Jamels. De son côté, Strong recrute des mercenaires.
S07E12 - À feu et à sang
Michael est contraint de révéler son identité à James et Sonya. Fiona, Sam et Jesse élaborent un plan afin de le récupérer.
S07E13 - La fin justifie les moyens
Michael doit regagner la confiance des personnes qui lui sont le plus proches afin de terminer ce qu'il a commencé.