Thompson vient de déclarer l'état d'urgence et de priver les citoyens de leurs libertés. Des volontaires ont rejoint les forces de polices nationales, afin d'arrêter toute personne soupçonnée de soutenir la Résistance.
S03E02 - Disparus
Alors que sa famille est en train de dîner, un commando débarque subitement et capture Lawrence Jantzen sous les regards horrifiés de sa femme et de son fils. Plus tard, à l'ambassade Taelon, Claire et Ty présentent leur dossier à Da'an. Liam supplie Ty de l'aider à retrouver son père...
S03E03 - Déjà Vu
Liam Kincaid découvre qu'un nouveau marché noir, où s'échange une technologie Taelon, pourrait être la cause de nombreux décès inexpliqués.
S03E04 - Émancipation
C'est une véritable course contre la montre que doivent mener Liam et Renee afin de sauver la "Skrill Queen", enlevée par un groupe de Résistants.
S03E05 - Les Trésors du passé
Gonsalves, en effectuant des fouilles clandestines, découvre une corde nouée, une amulette, deux petites idoles et un polyèdre. Sur le point d'être surpris, il s'enfuit. Liam et Renee, qui ont l'accès aux vestiges, décident de les emporter avant que Sandoval ne s'en empare...
S03E06 - La Voix du sang
Da'an trahit Liam et engage secrètement le mercenaire Max Pratt pour localiser Augure et endommager le système de sécurité ainsi que les voies de communication de la Résistance. Liam et Renee découvrent, alors qu'ils assistent à une réunion de la Résistance, qu'ils ont été trahis. Liam échafaude un plan...
S03E07 - Un coin de paradis
Deux adolescents ont enlevé des femmes enceintes et se livrent à des expérimentations Taelons sur leurs enfants. Liam essaye de les coincer. Sandoval et Da'an discutent de l'utilisation de technologies Taelons sur les êtres humains : pendant l'opération qui devait sauver Silent Falls, rebaptisée Taelonville, d'un désastre nucléaire, il a créé un hybride qui tient à la fois de l'humain et du Taelon.
S03E08 - Le Pad'ar
Liam et Augure regardent un match de Pad'ar. Autrefois utilisé par les Taelons pour résoudre les différends, le jeu est financé par un conglomérat où s'allient Zo'or et des investisseurs financiers. Liam remarque que le jeu a des conséquences biologiques sur Vernon Getz, le patron du bar. Un autre match se termine avec la mort de l'un des concurrents, signe que les Taelons veulent mettre au point des soldats plus forts.
S03E09 - Les souvenirs de Lili
Les Jaridians parviennent à détourner le vaisseau de Lili, pour pouvoir aller sur Terre.
S03E10 - Le Cloître
Le cycle de reproduction de Zo'or a commencé. Cela se traduit chez lui par une série de cauchemars nocturnes et une difficulté croissante à stabiliser sa forme humaine. Pourtant, le Taelon tient à assurer ses obligations publiques. Il se rend donc, en compagnie de Kincaid et Sandoval, à la cérémonie d'Echange d'énergie qui se déroule au Cloître. Tandis que Zo'or s'épuise à donner le change au cours de la célébration, Kincaid et Sandoval reconnaissent en la personne de Soeur Elizabeth une ancienne résistante. A peine ont-ils le temps de la questionner sur sa nouvelle vocation que son corps est retrouvé flottant dans un bassin de méditation...
S03E11 - Interview
Une interview secrète de Zo'or est diffusée en direct à la télévision...
S03E12 - Ménage tes ennemis
: Liam et Zo'or se rendent à une assemblée diplomatique lorsque leur vaisseau heurte une vieille navette et s'écrase dans le Wyoming, sur la planète Terre. Liam n'hésite pas à risquer sa vie pour sauver Zo'or.
S03E13 - Subterfuge
Avide de pouvoir, Zo'or ferait n'importe quoi pour accroître son influence au Synod. D'ailleurs, saboter et assassiner sont pour lui de bons moyens. Le représentant de l'Amérique latine vient de mourir. Tandis que la Résistance mène une enquête discrète, Sandoval demande à Hannah de continuer sa mission : faire avouer à Liam son engagement dans la Résistance.
S03E14 - Terre brûlée
Une bombe a explosé à l'ambassade de Chine ; cette agression menace de déclencher un nouveau conflit tant la portée de l'attentat est évidente : les terroristes ont frappé la semaine même de l'armistice. L'inquiétude pointe chez les Taelons, qui découvrent une brèche dans leur système de sécurité ; ils limitent l'accès de "Doors International" aux technologies Taelons et demandent à Renee de mener une enquête interne. L'ambassade Taelons est aussi la cible d'un attentat ; Liam et Da'an parviennent à s'en échapper de justesse.
S03E15 - Reliques mortelles
Zo'or attrape un virus Taelon mortel, la Pesh'tal, très contagieux. Même si les effets en sont encore inconnus sur les humains, Zo'or risque de causer sur Terre une épidémie de peste. Le Synod a désigné T'Than pour remplacer Zo'or. Le nouvel homme fort des Taelons pense qu'il est peut-être temps d'éliminer définitivement son rival...
S03E16 - Instinct de survie
Le bouclier Taelon est vulnérable aux armes humaines. Scott Pierce réussit à le percer en ajustant un transformateur à un pistolet à impulsion. Mais il ne parvient pas à s'échapper pour très longtemps et est transporté dans une chambre secrète du vaisseau mère où Zo'or peut tranquillement prendre le contrôle de son corps et commettre une attaque contre sa propre ambassade...
S03E17 - Bombe à retardement
Liam et Renee découvrent les activités de Ma'el. A bord du vaisseau mère, T'Than et Zo'or se provoquent en duel : l'un d'eux devra mourir.
S03E18 - Les Prairies
Le révérend Murray enlève Gina Richardson, l'ami de Devon Zide. Celui-ci demande à Liam de l'aider à la retrouver. Chez le révérend, Liam apprend que Gina a fait voeu de silence. Dans sa conversation, il évoque les Prairies. Désireux d'en savoir plus, il s'adresse à Da'an, mais celui-ci élude ses questions. Sandoval lui présente ensuite une substance organique qui régénère les Taelons...
S03E19 - Apparition
Un esprit banni vient hanter Zo'or et cause des ravages parmi les Taelons.
S03E20 - Numéro 1, Taelon avenue
Au numéro 1 de l'avenue Taelon, on procède aux essais d'un prototype de navette. Mais celle-ci explose subitement, blessant à mort un membre de la Résistance. Il n'en faut pas plus pour que Liam commence à enquêter.
S03E21 - Le message de Ma'el
Des documents émanant de Ma'el révèlent que l'Humanité est un des liens nécessaires à l'évolution et à la survie des Taelons.
S03E22 - Le Sacrifice
Lili revient enfin sur la Terre, ce qui va sans doute mettre un terme aux craintes concernant la survie des Jaridians. Elle semble réellement porteuse de leurs derniers espoirs...