Alors que la société secrète Kisaragi est parvenue à dominer le monde, ses sulfureuses dirigeantes envisagent d'envahir une autre planète pour résoudre le problème de restructuration de ses combattants. Combattant n°6, un être humain amélioré, est ainsi choisi pour être envoyé en reconnaissance sur une planète similaire à la Terre avec l'inexpressive androïde Alice Kisaragi, qui a été conçue pour servir d'aide.