Nick Torres et Jessica Knight quittent Washington pour Hawaï avec Jane et Ernie afin de poursuivre la piste du terroriste Maxwell, qui a piégé Alden Parker. De nouvelles découvertes sur le passé de leur cible les amènent à tenter de déjouer un projet d'attentat visant le Rimpac, l'exercice maritime des forces alliées organisé sur l'île d'Oahu.
Poursuivant la piste du terroriste Maxwell, alias Raven, de Washington jusqu’à Hawaï, les agents Tennant, Torres et Knight unissent leurs forces pour déjouer un projet d’attentat lors de l’exercice maritime des forces alliées organisé sur l’île. Crossover avec l'épisode 1 de la saison 20 de "NCIS".
S02E02 - À bout de course
Le NCIS plonge dans le monde illégal des courses de voitures après la découverte du corps d'un sergent de la Marine dans une décharge. Aussi, Tennant s'inquiète à propos d'Alex qui semble lui cacher quelque chose et Whistler est anxieuse à l’idée de présenter Lucy à ses collègues.
S02E03 - Insoupçonnable
Appelée sur les lieux d’un accident mortel, Tennant et son équipe découvrent que l’officier impliqué se révèle être un imposteur. Pour les besoins de l’enquête, Whistler infiltre une agence de personnel de ménage qui pourrait cacher des activités criminelles…
S02E04 - Mauvais esprits
Un membre de la Navy est retrouvé mort sur un terrain sacré, dédié au dieu de la guerre, où le NCIS découvre cinq autres corps. L’équipe fait appel à l'agent spécial Neil Pike pour les aider à arrêter un potentiel tueur en série sur l'île.
S02E05 - La chute
L’enquête du NCIS sur la mort d’un Marine, tombé des gradins après un match de football américain, confronte l’équipe à une organisation criminelle locale sans pitié.
S02E06 - Un passé si présent
Lorsqu’un caporal trouve la mort sur une plage après avoir été exposé à du fentanyl, le NCIS doit trouver l’origine de la drogue. Ils remontent la piste jusqu’à un avion immergé, qui semblait servir à passer la drogue, où ils découvrent un corps dans le cockpit…
S02E07 - Disparition
En l’absence de son beau-père, en mission dans un sous-marin, le jeune Théo vient signaler au NCIS la disparition inquiétante de sa mère, Allie Acosta. Leur enquête conduit les agents jusqu’à un chasseur de prime accrédité, Mitchell Smith, à la recherche de cette criminelle en col blanc depuis plusieurs années…
S02E08 - Meurtre en coulisses
Un officier est assassiné alors qu’il travaillait de nuit dans un théâtre communautaire pour arrondir ses fins de mois. Après le départ provisoire de Lucy, le NCIS recrute Alan Lem, avec qui ils ont déjà fait équipe, pour cette enquête qui les conduira jusqu’au Mexique. Par ailleurs, Kai fait appel à Whistler pour enquêter sur un ami d’enfance devenu criminel.
S02E09 - Pièce manquante
Quand la Commandante Chase est kidnappée chez elle par un Marine accusé du meurtre d’un agent de la DEA, l'équipe doit agir rapidement pour la retrouver ainsi que le suspect.
S02E10 - Traque à Hawaï
L’enquête conjointe des trois bureaux du NCIS conduit les agents à Hawaï, où leur ancien instructeur avait prévu de se rendre, pour traquer leur suspect : Simon Williams. Kidnappés à Washington et transportés à Hawaï, Tennant, Palmer et Hanna sont aux prises avec un agent de la CIA, Melina Devlin, en quête de réponses sur leur suspect... 2ème volet d'un crossover en trois parties avec NCIS et NCIS : Los Angeles. Suite et conclusion de l'intrigue dans l'épisode 10 de la saison 14 de NCIS : Los Angeles ("A Long Time Coming").
S02E11 - Le sens de l'honneur
L'agent spécial Pike est pris en embuscade dans une fusillade alors qu'il travaillait sous couverture avec une famille criminelle japonaise locale. Le NCIS et le FBI vont enquêter et découvrir une guerre de clans. Par ailleurs, Kai doit accepter que son père fasse l’objet d’une enquête fédérale pour avoir accepté de l’argent sale de son ami d’enfance.
S02E12 - Sous le feu
Le NCIS enquête sur le meurtre d’un capitaine des forces spéciales et comprend vite qu’une omerta règne au sein de son unité d’élite. L’équipe remonte la piste jusqu’à un ancien membre, Ellis Kane, qui a eu une altercation avec la victime lors d’une mission au Niger avant de tout quitter pour devenir moine…
S02E13 - Affaire de famille
Un tuyau anonyme envoie le NCIS et la police sur une opération de démantèlement d’un laboratoire de métamphétamine qui explose alors que les équipes sont sur place. Kai, qui avait repéré la bombe et fait évacuer les lieux, s’avère être la cible de cette attaque en lien avec l’ami d’enfance de son père, Wally. Par ailleurs, Lucy mène sa première enquête à bord d’un porte-avions.
S02E14 - Sans un bruit
Lorsque les meurtres d’un capitaine de la Navy et de sa femme font écho à une ancienne affaire résolue, le NCIS doit déterminer s’il s’agit d’un tueur imitateur. L’équipe reprend contact avec l’ancien agent en charge de l’enquête, Jim Carter, qui n’apprécie pas Tennant et lui reproche de l’avoir renvoyé…
S02E15 - Le bon samaritain
Charlie 1, collaborateur de l’ombre du NCIS, sort accidentellement de sa cachette et met sa famille en danger. Le NCIS va l’aider à enquêter sur ceux qui essaient de s'en prendre à lui. Lucy rentre de sa mission à Hawaï un jour plus tôt pour surprendre ses amis.
S02E16 - Arrête-moi si tu peux
Le NCIS enquête sur une série de vols mineurs au sein de la Marine et découvre que leur suspect est le fils d’un capitaine de corvette, qui va être attaqué à son tour. Whistler se débat avec un informateur peu coopératif et Alex évalue ses options universitaires.
S02E17 - Protection rapprochée
Le capitaine Milius retourne à Hawaï pour demander au NCIS de l’aider à protéger Adriana, une femme prête à communiquer des informations au FBI et au Département de la Défense au sujet d’un trafiquant d’armes très recherché, Dante Reeves. Par ailleurs, Milius avoue à Tennant que c’est grâce à lui qu’Alex a été accepté à l’Académie navale, ce qui n’est pas du goût de Daniel…
S02E18 - Crash
Après avoir appris l’arrestation de Laird Harriman, qu’elle soupçonne d’être responsable de la disparition d’un agent du NCIS, Tennant l’interroge à bord de l’hélicoptère lors de son transfert. Pendant le vol, Harriman réussit à s’emparer d’une arme et à créer la panique. L’hélicoptère se pose en catastrophe et Harriman prend la fuite. Tennant et le Marshal Crichton se lancent à sa poursuite…
S02E19 - Rêve d’enfance
Le NCIS enquête sur le décès d'un participant à une mission de simulation martienne. Mais l'accès très restreint de la zone ne leur permet d'envoyer qu'une seule personne : Ernie, qui avait postulé pour ce projet plusieurs années auparavant. Mais ce dernier est confronté à l'hostilité des participants qui redoutent que cette enquête ne fasse échouer la mission...
S02E20 - Amnésie
De service de nuit, Lucy reçoit un étrange appel qui conduit l'équipe à un cadavre. Intriguée par l'interlocuteur, Lucy est persuadée que cet appel téléphonique cache plus qu'un simple meurtre et le NCIS se met en quête de l'identité de l'auteur du coup de fil...
S02E21 - Le prix à payer - 1ère partie
Tennant se retrouve impliquée dans un meurtre après avoir été contactée par un homme qui a été abattu juste avant qu’elle ne le rencontre. Tennant comprend très vite que cette histoire est liée à une ancienne mission datant de son époque à la CIA et rend visite à Maggie en prison. L’agent John Swift débarque au NCIS pour suspendre Tennant et reprendre l’enquête...
S02E22 - Le prix à payer - 2ème partie
La mort d'un ancien agent du MI6 fait ressurgir les fantômes du passé de Tennant, et la pousse dans ses retranchements alors qu'elle tente de découvrir qui tire les ficelles dans l'ombre. Le reste de l'équipe organise son soutien depuis Hawaï, et Whistler se rend à Caracas pour tenter de la retrouver.