Manji est immortel. Afin d'expier les crimes du passé, il porte en lui un mystérieux ver qui guérit ses blessures ; il ne recouvrera sa mortalité qu'après avoir occis mille scélérats. Son chemin croise alors celui de Lin, une jeune femme en quête de vengeance.
Pendant l'ère de l'Edo. Fille du maître d'un dojo d'arts martiaux, Lin s'embarque dans une mission pour se venger de la mort de ses parents. Pour lui servir de garde du corps, elle a choisi Manji, l'homme immortel, surnommé le "tueur d'une centaine".
S01E02 - Acte II : Financement
Lin annonce qu'elle va voir un ami de son père, Sōri, un peintre, durant sa mission de vengeance. Sōri ne peut pas venir l'aider, mais lui donne de l'argent. Lin, le portefeuille plein mais sans piste, retrouve l'épée de son père chez un forgeron chez lequel elle est supposée avoir été volée.
S01E03 - Acte III : Rêve
Une prostituée approche Manji alors qu'il attend Lin. Si Manji voit à travers la ruse de la prostituée, il accepte son invitation. Mais la femme, Makie Otonotachibana, semble être trop faible pour faire partie des guerriers d'Ittô-Ryû, comme elle le prétend.
S01E04 - Acte IV : Lin en difficulté
Lin demande à Manji de l’entraîner, mais ses aptitudes sont encore loin de rivaliser avec celles des disciples d'Ittô-Ryû. Lin, dans un moment de mélancolie, est attirée par un son, et découvre un homme s'entraînant seul.
S01E05 - Acte V : Le chant des insectes
Après avoir aperçu Kagehisa, Lin flanche. Perdues dans ses pensées, elle se fait approcher, avec Manji, par un moine bouddhiste nommé Eiku Shizuma, faisant partie d'Ittô-Ryû. Il affronte Manji, mais se fait rapidement vaincre.
S01E06 - Acte VI : Des ailes et des racines
Lin, qui est venue voir le festival, rencontre un gamin effronté, Renzô. Au magasin de masques, la situation se détériore entre Manji et Araya, jusqu'à ce que le fils d'Araya, Renzô, ne débarque et les hostilités se dissolvent. Araya et Renzô s'en vont.
S01E07 - Acte VII : Une ombre maléfique
Les discussions pour nommer l'instructeur de l'école Ittô-Ryû, alloué par le shogunat, ont démarré. Le but est de faire connaître Ittô-Ryû dans le monde entier. Taïto Magatsu jure de le faire devenir réalité, mais décide de se distancer de Kagehisa Anotsu.
S01E08 - Acte VIII : Mugaï-Ryû
Manji et Lin embauchent les quatre membres du Mugaï-Ryû, qui détiennent des informations sur Kagehisa, pour l'assassiner. Accompagnée de Shira, à l'affût sur la route qui mène à la frontière d'Edo, après avoir reçu des informations que seule elle connaît, Lin rattrape Kagehisa qui tente de s'enfuir.
S01E09 - Acte IX : Rassemblement
C'est Giichi qui avait dévoilé la cachette de Kagehisa à Lin, et Manji et elle sont maintenant suspectés de meurtre. Les criminels suspectés ne peuvent pas franchir le poste de contrôle. Mais, grâce à une servante que Lin a rencontrée, elle a une solution.
S01E10 - Acte X : Animal
Manji veut aller retrouver Lin, mais il ne peut pas franchir le poste de contrôle. Sôri et Magatsu débarquent. Sôri dit à Manji qu'il peut lui dénicher autant de passes qu'il veut, à une condition. Pendant ce temps, Shira apparaît devant Hyakurin et Shinriji.
S01E11 - Acte XI : Gelée d'automne
Étant devenus compagnons de route dans l'intérêt de leurs objectifs, Manji et Magatsu se font agresser par un groupe d'hommes chauves. Manji, gémissant de douleur, se fait approcher par derrière par Shira, qui, ayant guérit son corps et désirant sa revanche, lui coupe le bras.
S01E12 - Acte XII : Le sang de la finalité
Après s'être lancée vers Kaga à la poursuite de Kagehisa, Lin, effondrée, se fait secourir par Kagehisa lui-même. Devant maintenant coopérer avec Kagehisa qui se fait poursuivre par le Shingoto-Ryû, Lin commence à découvrir l'humanité de Kagehisa, son ennemi juré.
S01E13 - Acte XIII : Crépuscule
Les membres de l'Ittô-Ryû ont été assassinés par le shogunat. Kagehisa rassemble les membres restants en secret et complote de se venger contre le shogunat. Manji est invité au Mugaï-Ryû par Giichi, mais il refuse et ils s'affrontent.
S01E14 - Acte XIV : Amendement
Manji se fait emprisonner dans un donjon, un plan d'Habaki. Habaki demande au docteur Burando Ayame d'essayer de résoudre le mystère de son immortalité. Au nom du progrès de la médecine, Burando enfonce un scalpel dans le corps de Manji.
S01E15 - Acte XV : Acquisition de cran
Burando transplante le bras gauche de Manji sur le corps de Dewanosuke. De nombreux autres tests s'avèrent aussi positifs. Mais Habaki met la pression sur lui et exige des résultats. L'épée d'Habaki se rapproche du corps imparfaitement immortalisé de Dewanosuke.
S01E16 - Acte XVI : Membre modifié
Depuis l'incident avec Dewanosuke, Burando fait des erreurs. Habaki finit par l'isoler et il devient fou. Mais, grâce à cette folie, Burando découvre quelque chose qu'il n'avait pas réalisée lors de ses expériences sur l'immortalité : les humains sont des loutres.
S01E17 - Acte XVII : Lien cérémonial
Manji et Lin sont enfin réunis. Mais Habaki, leur ennemi redoutable, les empêche de s'échapper. C'est alors que Dōa et Isaku, présumé mort, arrivent à la rescousse. Leur fuite à l'horizon, une personne inattendue apparaît devant Lin et Manji...
S01E18 - Acte XVIII : Les cris d'une banshee
Après son échec au château d'Edo, Habaki perd son poste de chef. Mais, pour éliminer Ittô-Ryû une bonne fois pour toute, il se rend au Rokki-dan avec espoir. Mais le nouveau chef, Ugen, décide qu'Ittô-Ryû, ayant quitté Edo, est maintenant hors de cause.
S01E19 - Acte XIX : Massacre
L'Ittô-Ryû est poursuivi par le Rokki-dan, dirigé par Habaki. En l'apprenant, Lin et Manji décident aussi de les poursuivre. Même avec toutes les personnes quittant Edo à la recherche d'Ittô-Ryû, les quatre chefs nommés par Kagehisa Anotsu restent introuvables.
S01E20 - Acte XX : Sans fin
Lin et Manji poursuivent Kagehisa, mais Shira les attaque et Lin est enlevée. Manji part la secourir et rencontre non seulement Shira, mais aussi Renzō. Manji affronte Shira pour secourir Lin. Mais, contre toute attente, Shira, de son bras gauche qu'il est censé avoir perdu, taillade Manji.
S01E21 - Acte XXI : Piège
Manji est blessé lors de son duel avec Shira. Renzō ramasse une épée pour le tuer, mais Lin et les autres l'en empêchent. Habaki apprend, livide, l'attaque sur le château d'Edo. Mais il continue sa poursuite d'Ittô-Ryû malgré l’absence de son chef.
S01E22 - Acte XXII : Encore dix
Arashino, Hasshuu et Murasaki, du Rokki-dan, servent d'avant-garde pour l'affrontement avec l'Ittô-Ryû. Abayama, membre crucial, arrive à s'échapper avec l'aide de ses disciples. Mais il doit ensuite affronter Giichi et Hyakurin, qui ont poursuivi Abayama pour aider Habaki.
S01E23 - Acte XXIII : 100 danses spectaculaires
L'Ittô-Ryû, le Rokki-dan, Manji et Lin se rassemblent à Nakaminato, comme s'ils y avaient été guidés. Ils ont tous des mobiles différents au début de leur altercation finale. Décevoir, soumettre et danser dans le chaos. Les étincelles vont briller durant ce combat décisif entre les plus forts.
S01E24 - Acte XXIV : L'habitant de l'infini
Les vies de ceux que se sont rassemblés s'éteignent une à une. Ceux qui restent sont meurtris, mais n'abandonnent pas leurs épées pour autant et continuent d'essayer d'imposer leurs convictions. Le dernier debout... Et la revanche qui a été satisfaite...