Max a du mal à faire le deuil de sa relation avec Helen, qui ne sait pas elle-même pourquoi elle n’a pas pu l’épouser. Sur un conseil d’Iggy, il réexamine ses souvenirs et se rend compte qu’il avait occulté les moments difficiles avec elle et tenté, en vain, de trouver une solution aux problèmes qu’elle traversait, alors qu’elle seule pouvait le faire. Quand Brantley lui propose dix millions de dollars pour la mise en place d’un nouveau service à l’hôpital, investis par une entreprise qui ne demande qu’à avoir son nom à l’entrée, Max refuse car cette entreprise défend des valeurs opposées aux siennes, ultraconservatrices. Il finit par trouver une parade en créant avec cet argent et le nom de l’entreprise un service dédié aux professionnels du sexe. Lauren squatte à droite et à gauche car Leyla, qui occupe son appartement, n’a toujours pas de visa. Elle finit par retourner chez elle et découvre que Leyla est maintenant en couple. Elle se présente donc chez sa sœur.
S05E02 - Un geste d'humanité
Max teste un nouveau programme de prévention qui bénéficierait à la fois à New Amsterdam et à ses patients les plus nécessiteux. Wilder a du mal à accepter qu'un de ses patients refuse une intervention qui lui sauverait la vie. Reynolds fait une découverte importante au sujet du comportement de son père. Iggy franchit le pas et se lance sur les applications de rencontres.
S05E03 - La mariée
De nombreux blessés sont amenés aux urgences, suite à un incendie qui s'est déclaré lors d'un mariage. La plus jeune d'entre eux, Lilly est dans un état catatonique. Le marié, entre la vie et la mort, a un sang d'un groupe extrêmement rare, le luthéran, et ne peut recevoir que deux sortes de sang : du luthéran ou bien, encore plus rare, ce que l'on appelle le "sang en or". Wilder, Ben et Max se rendent aux Bermudes où une personne ayant du sang en or pourrait revenir avec eux et sauver cet homme car le sang, s'il est importé, reste bloqué aux douanes. Alors que la donneuse accepte enfin, ils font une terrible découverte : Iggy a réussi à faire parler Lilly et compris que c'est en réalité elle, la mariée. De son côté, Bloom continue à vivre chez sa sœur, sans lui avouer qu'elle ne prend plus ni drogue ni alcool. Elle se sent toujours aussi coupable de l'avoir abandonné aux mains de leur mère alcoolique quand elles étaient jeunes. Floyd annonce à son père qu'il est sans doute bipolaire, mais ce dernier se réjouit de savoir qu'il n'est pas responsable de son comportement et ne compte pas se soigner.
S05E04 - Une journée pour soi
Max impose à tous les médecins de New Amsterdam de prendre une journée pour s'occuper de leur propre santé, mais il rencontre une résistance inattendue. Reynolds est intrigué par une nouvelle infirmière très sûre d'elle. Bloom est contrainte d'interrompre le traitement pour son TDAH et doit lutter contre le stress lié à son travail. Iggy a son premier rendez-vous depuis sa séparation d'avec Martin. Max persuade Wilder de subir l'intervention chirurgicale dont elle a besoin.
S05E05 - La main à la pâte
Max tente de sauver une infirmière qui fait l'objet d'une enquête à charge pour faute professionnelle grave. Reynolds se démène pour aider un groupe de patients victimes d'une intoxication à cause du mauvais état de leur immeuble. Bloom est contrainte d'avouer la vérité à sa sœur, qui est sous le choc.
S05E06 - Un accident peut si vite arriver
Max part en croisade pour rendre les rues de New York plus sûres. Iggy aide des parents à trouver un moyen de dépasser l'incapacité à communiquer de leur enfant sourd.
S05E07 - Privées de leur droit
Les équipes de New Amsterdam sont sous le choc suite à la révocation par la cour suprême du droit à l'avortement. Wilder suit une femme enceinte que sa grossesse met en danger. Sur l'insistance de Brantley, Max tente de trouver une solution pour les patients qui sont en dehors de l'Etat de New York. Bloom fait une terrible révélation à Reynolds.
S05E08 - Le monde est un théâtre
Max découvre l'existence d'un service de l'hôpital qui génère d'importants revenus, mais au prix de potentielles graves répercussions juridiques. Iggy est aux prises avec un membre du personnel d'entretien qui révèle des talents surnaturels. Reynolds traite une patiente qui force son admiration et fait des projets concernant l'avenir de son père. Au contact d'une jeune patiente, Wilder apprend à ne pas tirer de conclusions hâtives en établissant un diagnostic.
S05E09 - L'enquête de satisfaction
Reynolds fait preuve d'imagination pour aider une jeune femme enceinte en situation de précarité. Max tente sa chance auprès de Wilder et reçoit une leçon de vie. Bloom soigne deux adolescents, frère et sœur, en détresse. Iggy prend une décision au sujet de Martin.
S05E10 - Le bon choix pour soi
Reynolds se retrouve pris entre une chance trouver l'amour et une occasion rêvée de passer du temps avec son père. Bloom prend conscience des conséquences de ses actes et fait un pas vers sa sœur. Max vient en aide à une interne de soins intensifs qui ne se remet pas de la perte d'un patient. La docteure Wilder est face à un choix cornélien : la communauté sourde ou sa carrière.
S05E11 - La grande évasion
Pour éviter de croiser Helen, de passage à New York à l'improviste, Max organise une excursion dans la nature avec Bloom, la docteure Wilder et Iggy. Mais l'aventure tourne rapidement à la catastrophe, mettant en péril la vie de leur guide. Reynolds accepte de pratiquer une intervention risquée sur le fils adolescent d'un ancien camarade de faculté de médecine, mais un incident indépendant de sa volonté complique encore plus les choses.
S05E12 - De bonnes décisions
Max et Wilder se trouvent face à un dilemme au moment d'approuver un traitement révolutionnaire contre le cancer. A cette occasion, Max apprend un secret concernant son propre combat contre le cancer. Reynolds pousse la conscience professionnelle à l'extrême pour rectifier une situation médicale désespérée. Iggy se démène pour venir en aide à une femme dans le besoin, mais il comprend vite que le système joue contre lui.
S05E13 - On peut tous vous aider
Dans cet ultime épisode, l'histoire de chaque personnage trouve sa conclusion, aussi surprenante qu'inéluctable.