Trois mois après le terrible accident, Max est de retour à l'hôpital. Il se bat pour une malade diabétique qui n'a plus les moyens de s'acheter de l'insuline. Reynolds voit débarquer dans son service Duke, un jeune interne noir, ambitieux et doué auquel il s'identifie. Kapoor, tente désespérément d'aider une patiente qui souffre de polyarthrite et sur qui aucun traitement ne fait effet. Iggy, toujours aussi bienveillant propose à son mari Martin d'adopter un cinquième enfant et une nouvelle recrue arrive au service oncologie.
S02E02 - Question de temps
Max enquête auprès du personnel afin de comprendre les facteurs qui les empêchent d'être au mieux de leur forme pour offrir les meilleurs soins possibles aux patients. Reynolds laisse la responsabilité à Duke d'examiner un patient atteint de zona qui se trouve aux urgences. Alors qu'il a oublié un examen et renvoyé le patient chez lui, Duke n'ose pas avouer son erreur et ment à Reynolds.
S02E03 - Garde à vous !
Max décide d'engager Todd Benson, un ancien vétéran, pour remplacer son assistante. Il se heurte à une vision opposée à la sienne car l'homme ne partage pas ses vues sur les bienfaits d'un système de santé public. Max décide de placer quelqu'un au cœur du conseil d'administration pour faire voter un programme d'assistance postopératoire à domicile.
S02E04 - Dénominateur commun
Suite à la prise en charge de Marcus, victime d’un arrêt cardiaque à cause d’une hypertension non traitée, Max décide de mettre en place un système de prévention. Face à un premier échec, il opte pour une approche originale. Bluffé par le talent prometteur de Duke, Reynolds est tout de même contraint de le recadrer lorsqu’il prend un peu trop ses aises au bloc et va jusqu’à défier son autorité. Kapoor annonce à Iggy qu’il va être grand-père… Hélas, Ella douche son enthousiasme, en lui révélant qu’elle n’est pas sûre de vouloir garder le bébé.
S02E05 - Le jeu
Max décide d'aider une patiente de Sharpe qui ne peut pas avoir recours à une GPA car son assurance maladie a soudainement changé les modalités des contrats. Il tente désespérément de plaider sa cause. Reynolds s'occupe d'une astronaute, prête à risquer sa vie pour pouvoir partir dans l'espace. Bloom réalise que le sexe avec Ligon n'est qu'une nouvelle addiction de plus et qu'elle doit arrêter de fuir. Elle se rend à une réunion pour Narcotiques Anonymes, où elle trouve Ligon... Iggy est face à une petite fille qui présente tous les signes de la psychopathie.
S02E06 - Un coup de pouce
Sharpe essaie de convaincre Max d'accepter un cadeau de sa part : une aide à domicile, quelle qu'elle soit, pour le soulager dans son quotidien. A l'hôpital, des femmes victimes d'un accident de bus sont admises aux urgences...
S02E07 - Passé sous silence
Sharpe découvre que la paralysie d'une patiente n'est pas due à une tumeur, mais à une erreur médicale. La malade souhaite entamer une procédure en justice. Bloom apprend qu'elle va devoir prendre des antidouleur et s'inquiète à cause de son addiction aux médicaments.
S02E08 - Comment te dire adieu
Sharpe s'attire des ennuis en voulant aider un patient. Max a de plus en plus de mal à gérer son deuil. Bloom fait un grand pas vers la guérison...
S02E09 - Case prison
Un détenu dont l'hospitalisation aurait pû être empêchée par un suivi plus complet arrive à New Amsterdam. Max, Sharpe et Iggy décident d'offrir des consultations dans l'enceinte de la prison. Bloom fait face à son addiction.
S02E10 - Alerte épervier
Max est furieux que le conseil d’administration ait démis Sharpe de ses fonctions. Celle-ci se demande si elle ne va pas quitter l’hôpital car elle ne voit plus aucune raison d’y rester. Aux urgences, Suzan, Jackie et Dominique, trois détenues – amenées de Rikers suite à la bagarre qui a eu lieu pendant la visite de Max et son équipe – agressent un gardien et lui volent son arme, dans le but d’aller tuer Fran, une autre détenue devant témoigner dans un procès. Celle-ci est en train d’être opérée par Reynolds pour réparer son cœur endommagé suite à une overdose, qui était une première tentative de la faire taire. Casey prévient la sécurité, qui lance une "Alerte Epervier". L’hôpital est bouclé, les couloirs sont évacués et chacun doit s’enfermer dans la pièce la plus proche...
S02E11 - Derrière mon sourire
Max amène Luna à son bilan médical des 6 mois. Il y fait la rencontre d'Alicia, une mère célibataire. Pendant ce temps, Sharpe prend les choses en main et tente de défendre la dernière idée de Max : interdire les tablettes pendant les consultations pour que les médecins soient plus proches de leurs patients.
S02E12 - 14 ans, 2 mois, 8 jours
Jacob, un patient de Kapoor dans le coma depuis quatorze ans, ouvre les yeux, ce qui réveille l’espoir de sa femme. Mais Kapoor sait qu’il ne s’agit que d’une activité réflexe. Ses enfants, convaincus eux aussi que leur père est décédé depuis quatorze ans, tentent de la persuader de lui retirer sa sonde de nutrition et de le laisser partir.
S02E13 - Jusqu'à la fin
Max découvre que New Amsterdam, comme l'hôpital de la faculté de médecine le fait avec Marianne, se débarrasse de ses patients mourants pour qu'ils ne viennent pas augmenter le taux de mortalité de l'établissement. Choqué par cette nouvelle, il se rend dans une maison de retraite municipale délabrée où ont été abandonnés trente patients pour les ramener à New Amsterdam et leur offrir une fin de vie digne.
S02E14 - Jeu de passe-passe
Suite au désistement d’une amie, Max accepte d’accompagner Alice au théâtre, le soir-même. Todd lance un ultimatum à Max de la part du conseil : soit il supprime avant la fin de la journée un programme coûtant 2 millions de dollars, soit les salaires du personnel ne pourront pas être payés.
S02E15 - Marchands de mort
Brantley demande à Max de mettre fin à la crise des opioïdes par tous les moyens. Il convoque d'abord les médecins qui en prescrivent trop et les menace de les renvoyer s'ils ne réduisent pas drastiquement les prescriptions. Mais Brantley trouve cela trop timide. Il ferme alors les urgences de New Amsterdam pour que tous les médecins puissent être formés et agréés pour délivrer des traitements de substitution aux consommateurs d'opioïdes, tombés dans la dépendance.
S02E16 - Le chat noit
Alice a dormi chez Max, qui s'est occupée Luna et Bobbi la veille. Au réveil, ils font l’amour, s’avertissant mutuellement qu’ils ne se sentent pas prêts à s’engager dans une nouvelle relation, chacun triturant l’alliance qu’il porte toujours au doigt… Après avoir découvert que Valentina Castro avait falsifié les bilans préliminaires de ses patients pour que la molécule sur laquelle porte son essai thérapeutique ait l’air plus efficace, Sharpe décide de saboter l’essai de Castro. Kapoor doit pratiquer un geste très technique sur un patient, mais il est perturbé car Ella a décidé d’adopter un chat pour l’aider à gérer ses TOC. Iggy reçoit Danica, une adolescente qui souffre de phobie scolaire. Il découvre que son état, qui ressemble à s’y méprendre à un état de stress post-traumatique, est dû à une simulation de fusillade qui a eu lieu dans son collège.
S02E17 - Bye bye Dr Reynolds
Max est attristé de voir que seuls les malades "émouvants" parviennent à collecter de l'argent via l'appel aux dons sur internet. Jason, le fils de Zhen Huang, un vieil homme qui n'arrive plus à parler, est désespéré : son père va mourir s'il n'arrive pas à rassembler la somme nécessaire pour son opération cardiaque. Max décide alors de demander aux médecins de choisir eux-mêmes qui mérite de bénéficier d'une aide en priorité, mais c'est un échec. Il trouve la solution grâce à Sharpe, qui vient de reprendre son poste de directrice adjointe. Bloom et Iggy suivent la trace d'un homme mystérieux qui, selon les dires de Bloom, est mort il y a quatre ans... Kapoor aide un ancien pilote d'avion, aujourd'hui paralysé, à faire voler un appareil grâce à un simulateur. Enfin, Reynolds vit sa dernière aventure à New Amsterdam : il se retrouve coincé avec un enfant dans une cage d'ascenseur pendant quatre heures...
S02E18 - Mauvais timing
Un nouveau médecin arrive à New Amsterdam : le docteur Cassian Shin, virtuose de la chirurgie traumatologique, très séduisant, mais dont l’attitude égoïste et hautaine agace prodigieusement Sharpe et Bloom. Cette dernière surprend sa mère et Casey dans un couloir en train de chuchoter et de se faire un câlin. Elle imagine aussitôt les pires scénarios. En promenant Luna dans le parc, Max croise Liam et ses parents. Le petit garçon de 6 ans présente des problèmes moteurs préoccupants. Max convainc ses parents de faire un dépistage à New Amsterdam. Kapoor est harcelé par la femme d’un patient, qui lui fait des propositions déplacées… Plusieurs patients qui n’ont rien à voir entre eux sont atteints d’un étrange syndrome : une fréquence cardiaque dangereusement basse, que rien ne justifie.