Tom Keen rejoint Halcyon Aegis, une organisation de mercenaires dirigée par sa mère, Susan "Scottie" Hargrave. Son but : percer les zones d'ombres de son passé et découvrir ce qui est réellement arrivé à son père en infiltrant l'équipe d'Hargrave, qui s'est donnée pour objectif de racheter ses actions passées en venant en aide à ceux qui l'engagent pour mener à bien de périlleuses missions.
Tom Keen, agent clandestin, s'associe à sa mère, Scottie Hargrave, chef d'une organisation de mercenaires secrète qui résout des problèmes trop épineux pour le gouvernement. Tom se rend à New York pour un rendez-vous avec un avocat au sujet de la succession de son père, mais le voyage s'avère tout sauf banal...
S01E02 - Kevin Jensen
En déplacement au Kyrkistan pour un reportage sur des rumeurs de tortures et de repressions, Kevin Jensen, journaliste new-yorkais, est arrêté par les autorités du pays pour espionnage. Tom et l'équipe de Halcyon montent une opération pour sauver ce reporter, proche de Scottie...
S01E03 - La mère patrie
La mère patrie Tom se rend sous couverture dans une ville de Russie. Celle-ci est une reconstitution de ville américaine moyenne et sert pour former des espions en vue de missions en Amérique. Scottie, qui ignorait tout de cette opération conjointe du pentagone avec Halcyon, charge son assistante d'enquêter sur d'éventuelles autres informations que son mari aurait pu lui cacher... Howard, de son côté, suggère que Scottie pourrait être très dangereuse !
S01E04 - Opération Davenport
Halcyon intervient pour mettre la main sur des personnes récemment évadées d'une prison secrète de la CIA, située en plein New-York. Pendant ce temps, Scottie fait des découvertes au sujet de Christopher lors d'une visite à ses parents adoptifs...
Une équipe détourne des avions de ligne pour voler du matériel secrètement chargé à bord. Tom et Mathias se font passer pour des stewards afin de découvrir ce qu'il en est. Pendant ce temps, Howard exhorte Tom à trouver la preuve de la traitrise de Scottie. Pour cela, il demande à Tom de forcer le coffre de Scottie afin de trouver la clé capable de déchiffrer des messages codés au sujet de WhiteHall.
S01E06 - Les otages
Halcyon est contacté par une compagnie d'assurance afin de monter une opération de secours. Leur but : ramener un chef d'entreprise kidnappé avec sa femme et son fils de 9 ans. De son côté, Tom demande l'aide de Nez afin de sauver Howard, prisonnier de Solomon pour le compte de Scottie...
S01E07 - Whitehall - partie 1
Les tensions montent entre Scottie et Howard. Comprenant qu'il ne peut pas faire confiance à sa mère, Tom réussit à s'enfuir et rejoint son père. Ce dernier a pu se soustraire à la garde de l'hôpital où il était retenu prisonnier, grâce à l'aide de Liz et Harold Cooper. Dès lors, la course pour percer le mystère Whitehall est lancée...
S01E08 - Whitehall - partie 2
Scottie et Howard se disputent le contrôle de Halcyon et de la dangereuse technologie liée à Whitehall. Tom se heurte à M. Solomon alors qu'il fait un choix décisif...