Rosewood et Villa font la connaissance du nouveau capitaine, Ryan Slade, après la démission d'Hornstock, rétrogradé en tant que lieutenant. Tous enquêtent sur la mort d'une universitaire prometteuse après une soirée au sein d'une fraternité étudiante.
S02E02 - Œil pour œil
Rosie a découvert que le défunt mari de Villa a été assassiné et tous deux se réunissent désormais en secret pour éclaircir le mystère autour d'Eddie. Par ailleurs, le duo enquête sur le meurtre, maquillé en overdose, d'un homme qui cachait également un lourd secret.
S02E03 - Travailler au corps
Villa et Rosewood se rendent à New York pour élucider le meurtre d'Eddie, et découvrent que l'universitaire cachait plusieurs secrets… Slade embarque Hornstock pour enquêter sur un réseau de prostitution.
S02E04 - L'idole des Maures
Le corps d'un plongeur est découvert avec une pierre précieuse dans l'estomac. Chasseur de trésor, l'homme était à la recherche d'un galion espagnol, coulé en 1733 et contenant des émeraudes colombienne pour la reine Catherine.
S02E05 - Santeria
Rosewood reçoit la visite d'un homme venu lui proposer 100 000 dollars pour pratiquer son autopsie sur lorsqu'il sera mort, ce qui arrive 24 heures plus tard. L'enquête prend une tournure étonnante lorsque son ex-femme avoue l'avoir tué en pratiquant la « Santeria », une sorte de magie noire.
S02E06 - Convictions
Donna Rosewood mène un combat pour innocenter Gerald Kelly, un entraîneur de foot accusé d'avoir tué deux adolescentes 10 ans plus tôt, et emprisonné pour ces crimes depuis son procès. Rosie et Villa reprennent l'enquête et sollicitent l'aide de brillants étudiants en médecine pour confronter leurs avis…
S02E07 - Beauté fatale
Lorsqu'une mannequin est retrouvée morte chez elle, Rosie et Villa soupçonnent tour à tour sa rédac chef tyrannique, son ex fiancé violent et son chirurgien esthétique… Par ailleurs, le légiste accueille chez lui sa nouvelle copine Tawnya, menacée de mort par le père de sa fille…
S02E08 - De l'huile sur le feu
Lorsqu'un jeune homme, membre d'un gang, est retrouvé mort, le capitaine Slade reconnaît un pendentif provenant du même foyer d'accueil que lui, et en fait une affaire personnelle d'identifier le tueur.
S02E09 - Sur la corde raide
L'enquête pour disculper le protégé de Donna Rosewood se poursuit et Tara sollicite l'aide de son ancienne colocataire d'université, Daisy Wick, qui travaille aux côté de Temperance Brennan pour l'institut Jefferson.
S02E10 - Walter Panitch
Alors que le capitaine Slade accueille des lycéens au poste de police, un homme déclenche une prise d'otages et une forte explosion. Aidé de complices, Owen Panitch réclame la libération de son frère, Walter, qui serait emprisonné à tort et souffrirait d'une maladie grave non soignée…
S02E11 - Mené en bateau
L'équipe enquête sur le meurtre d'un producteur de musique, retrouvé momifié sur son yacht. Bouleversé d'avoir été dupé et volé par sa petite amie Tawnya, Rosie prend des risques et cède à la paranoïa…
S02E12 - Passe-passe
Un jeune magicien est retrouvé dans un coffre au fond d'une piscine. Rosie et Villa se rendent à Las Vegas où l'illusionniste avait pris des risques au poker…
S02E13 - La vie des autres
En pratiquant l'autopsie d'une femme tombée inanimée au volant de sa voiture, Rosie s'aperçoit que celle-ci est toujours vivante. Empoisonnée, cette jeune réalisatrice de documentaires engagés se disputait sur son prochain sujet d'étude avec son concurrent de toujours…
S02E14 - Renvoyer l'ascenseur
Un homme a été tué dans l'ascenseur d'un immeuble ultra-sécurisé dont il était le seul occupant. Rosewood et Villa s'intéressent aux trois amis d'enfance de la victime, dont l'un était la star d'une série des années 90…
S02E15 - Affaire personnelle
Le meurtre, maquillé en pendaison, d'un PDG de la jet-set prend une tournure personnelle pour Rosewood lorsque Tawnya lui demande de l'innocenter. Si le légiste pense pouvoir gérer la situation, ses proches et sa famille exigent que la jeune femme soit livrée à la police pour escroquerie…
S02E16 - Au bal des masqués
En collaboration avec l'agent Agent Harrows du FBI, la brigade enquête sur un double meurtre et recherche activement un trafiquant dont on ne connaît pas le visage. L'un des hommes interrogés s'avère être un ancien camarade de Villa au lycée…
S02E17 - Les lois de l'attraction
Une astronaute de la NASA est retrouvée dans une orangeraie, tombée du ciel. Rosie et Villa cherchent des suspects dans son entourage personnel et professionnel, et découvrent que la jeune femme collaborait avec une entreprise privée élaborant de futurs voyages dans l'espace. Marcos Villa, frère d'Annalise et agent du renseignement dans l'armée, rend visite à sa soeur après des mois d'absence…
S02E18 - Cendrillon
Les deux partenaires enquêtent sur le meurtre d'une jeune femme, retrouvée dans une chambre froide en tenue de Cendrillon. Par ailleurs, Slade insiste pour donner son rein à Rosewood et Villa découvre chez son frère des photos de tous les membres de l'équipe…
S02E19 - Le silence est d'or
Un justicier prénommé « Santo », qui s'attaquait jusque-là à des braqueurs sans les tuer, est suspecté d'avoir commis son premier meurtre sur un ancien vétéran. Parallèlement à cette affaire, Rosewood se prépare pour être greffé du rein qu'il va recevoir du capitaine Slade…
S02E20 - Les fleurs du mal
Rosie et Villa accompagne Tara dans la petite ville où elle a grandi et où le maire, son premier petit ami, a été empoisonné. À distance, le légiste suit l'évolution de l'état de santé de Slade, entre la vie et la mort après son arrêt cardiaque durant la transplantation du rein…
S02E21 - Le rêve américain
Le meurtre d'une enseignante au passé trouble conduit Rosewood et Villa sur la piste d'un vaste trafic de prostitution. Losqu'une vidéo de Slade et de la victime le soir du meurtre fait surface, Hornstock, Rosie et Villa doivent enquêter en secret sur leur capitaine…
S02E22 - Diamants et coeurs brisés
Rosewood s'apprête à ouvrir un nouveau labo à Los Angeles et accepte de confier le poste de légiste en chef à Adrian Webb. Par ailleurs, Villa et lui enquêtent sur un vol de diamants, savamment orchestré par une bande de braqueurs et dont l'issue aura des conséquences très personnelles pour Annalise…