Lloyd Walker, un archéologue, commence à se poser de sérieuses questions à propos d'une série d'accidents et de disparitions qui a eu lieu à San Francisco. D'autant qu'un journaliste lui a aussi fait part de ses soupçons sur ces faits étranges. Lloyd pense également trouver du soutien en la personne de Liz Quinlan, une employée de la mairie, qui semble prendre ses inquiétudes au sérieux. Un jour, alors qu'il se trouve dans les sous-sols de la mairie, il réalise que des aliens ont commencé à coloniser la Terre et que, sous la forme d'insectes, ils se sont introduits dans les corps d'humains, devenant ainsi indécelables. Ces extraterrestres s'en prennent prioritairement aux membres du gouvernement...
S01E02
En compagnie d'une douzaine de personnes qui ont compris le danger qui les guettait, Lloyd Walker tente de lutter contre les aliens. Il cherche également à rassembler des éléments qui lui permettraient d'expliquer les phénomènes étranges qui secouent la ville de San Francisco et menacent de se répandre sur la Terre entière. Bientôt, il découvre que c'est en fait une mission spatiale menée par le commandant William Phillips, qui s'est déroulée trois ans plus tôt, qui serait à l'origine de cette invasion extraterrestre. Lloyd doit retrouver Phillips au plus vite car il semble qu'il soit le seul à détenir la solution pour éliminer les insectes aliens...