Fin des années 1960, à la frontière canadienne. Ruby Howard, une américaine pacifiste, aide à faire passer les déserteurs de la guerre du Vietnam au Canada. Elle ignore cependant que ses agissements sont surveillés par la CIA...
Un ancien agent de la CIA doit reprendre du service lorsqu'un acte terroriste est perpétué à Washington D.C.. Il doit alors enquêter sur la nouvelle génération de terroristes et découvrir comment ils sont recrutés, comment ils opèrent, quelles sont leurs motivations et revendications...
1940 à Gdynia. Franz Neumann, un jeune officier nazi, découvre que son vrai père est polonais. Utilisant cette information à son avantage, Franz devient un espion pour les Alliés avec le nom de code "Got". Sa tâche est d'obtenir des informations sur les activités de la marine allemande, la Kriegsmarine, et d'en faire un rapport.
L'agent Mari Saari s'est infiltrée dans un cercle très fermé de kamikazes dont Madina, dit "la veuve noire" fait partie. Elle va involontairement tisser un lien avec elle. Partagé entre son désir de protéger son amie et son devoir de policière, Mari se voit confrontée à un lourd dilemme.
10 agents issus du FBI, de la CIA et de la NSA sont recrutés pour former une unité spéciale intitulée Threat Matrix. Leur mission, neutraliser toute menace à l'encontre des Etats-Unis. Sous la responsabilité du Président des Etats-Unis, l'équipe est dirigée par l'agent spécial John Kilmer.
Le département Q, une unité de renseignement d'élite polonaise, découvre qu'un attentat est prévu en Suède. Une arme de l'arsenal soviétique sera utilisée lors de cette attaque. Konrad Wolski, chef du département, envoie l'agent Travis enquêter à Minsk. Ils vont alors découvrir un vaste complot.
L'histoire fictive de Dan Freeman - le premier agent noir de la CIA engagé par l'agence à la fin des années 1960. Recruté dans le cadre d'un programme d'action positive, il a suivi un processus de formation et a été "laissé à la porte" en signe de "l'égalité raciale" de la CIA.
La série met en scène les coulisses du pouvoir et la manière dont l'espionnage se confond avec la politique, la finance, les médias et la Silicon Valley. Chaque saison se penchera sur un événement mondial majeur du point de vue des opérations secrètes.
Le plus jeune des frères Sloane, Michael, doit s'infiltrer en tant que combattant de MMA et utiliser son influence pour avoir accès à des cibles dans le monde entier, tout en restant en lice pour le titre de champion.