Connor, un hacker de génie, découvre Cicada 3301, une mystérieuse chasse au trésor en ligne menée par une organisation secrète. Épaulé par un expert en art et une bibliothécaire, Connor se précipite dans une quête d’indices dans le monde réel pour mettre la main sur le trésor.Mais ils n’est pas seul : de dangereux agents de la NSA, également sur la piste de Cicada, se lancent à la poursuite de Connor.
Frank se réveille seul dans les bois recouvert de sang et blessé à la tête, sans le moindre souvenir de qui il est et de ce qu'il a fait. Lorsqu'Andy se présentant comme son meilleur ami l'accuse de meurtre, Frank doit s'enfuir afin de faire la lumière sur ce qui lui est arrivé et reconstituer le puzzle de ce qui s'est réellement passé.