Connu d'abord pour ses écrits, Eric Naggar se forge peu à peu un nom en tant qu'acteur par la multiplicité de ses seconds rôles. Il commence en effet par l'écriture théâtrale en collaborant avec Jean Rochefort et avec Jean-Pierre Marielle, et passe ensuite au cinéma en scénarisant des téléfilms (Emmenez-moi au théâtre: L'étrangleur s'excite, 1982) ou encore en tant que dialoguiste aux côtés de Guillaume Canet (Mon idole, 2002). Il se lance alors dans une carrière d'acteur et réussit à décrocher plusieurs petits rôles qui lui permettent d'avoir un visage très familier dans le monde du cinéma. Il est ainsi tour à tour proviseur (La Cour de récré : vive les vacances !, 2001), docteur (Taxi 3, 2001), professeur (L'Enfer, 2004), avocat (Le Démon de midi, id.) ou encore premier ministre (Un ticket pour l'espace, 2005).

Entre séries, téléfilms et longs métrages pour le cinéma, Eric Naggar alterne ses rôles. Il se fait par exemple remarquer dans la saison 6 de la série américaine Sex & the City (2003), ou dans des téléfilms français comme Péril imminent: Mortel chahut (2004), Monsieur Max (2006) ou Le Malade imaginaire (2008).

Ses interprétations pour le grand écran sont encore plus variées. On le retrouve notamment chez Steve Bendelack, qui le filme en suicidaire dans les délirantes Vacances de Mr. Bean (2007), avant de le voir en 2010 sous la férule de Luc Besson dans Adèle Blanc-Sec, où il est l'éditeur de la jeune journaliste. Après Un ticket pour l'espace en 2005, Naggar incarne de nouveau un premier ministre (d'un tout autre genre cette fois) dans le film politique de Pierre Schoeller : L'Exercice de l'État (2011). Il retrouve ensuite Guillaume Canet dans La Nouvelle guerre des boutons de Christophe Barratier, où il joue les conservateurs de musée. L'acteur poursuit dans cette tonalité comique en jouant dans Bowling de Marie-Castille Mention-Schaar aux côtés de Catherine Frot et de Mathilde Seigner, puis dans Associés contre le crime..., une comédie policière de Pascal Thomas, dans laquelle il joue le rôle du Docteur Jünger.