Infernal Affairs 2 se situe plus de dix ans avant le premier film : il raconte le parcours de jeunesse de Chan, qui vient tout juste d’infiltrer les triades, et Lau, qui entre dans la police, ainsi que la prise du pouvoir par Sam au sein du gang.
Échappant de justesse au massacre de sa famille, qui dirigeait l'armée impériale, un homme se rend dans un temple bouddhiste dans l'espoir de l'intégrer.