Fils de Marty Peretz, éditeur du magazine The New Republic, Jesse Peretz étudie le cinéma à l'université de New York. Il s'en éloigne entre 1986 et 1989, période durant laquelle il joue de la basse dans le groupe de rock alternatif Lemonheads.
Réalisateur de nombreux clips (pour les Foo Fighters notamment) et court métrages, Jesse Peretz signe son premier long métrage en 1997. Ce sera le drame romantique First love, last rites où il dirige Giovanni Ribisi et Natasha Gregson Wagner. Son deuxième film, The Château sort en 2002.