Alors que la chute du Shogun plonge le pays dans le chaos, un assassin au service du gouvernement trahi par sa hiérarchie fomente une insurrection. Armé de son sabre à lame inversée, Kenshin prend part au combat que livrent les forces de police pour empêcher le despote de brûler Kyoto.
À la tête d’une armée de mercenaires, le redoutable Shishio est prêt à tout pour renverser le nouveau gouvernement. Kenshin part alors en quête de son ancien maître pour parfaire son apprentissage et tenter de mettre fin au déchainement de violence qui s’est emparé du pays.
Avant de devenir protecteur, Kenshin était un redoutable assassin nommé Battosaï. Après sa rencontre avec l'affable Tomoe Yukishiro, tout commence à changer pour lui.
Un thriller cachant dans ses méandres la complexité de ceux qui vivent comme ils peuvent. Parce que ce qu'ils désirent et ce qu'ils obtiennent sont deux choses très différentes...