Dans la région de San Francisco, un shérif percute un piéton avec sa voiture qui disparait ensuite subitement de l'hôpital où il était soigné. Au même moment, une auteure entame une hisoire d'amour avec un mystérieux homme d'affaires japonais qui disparait également sans laisser de trace.
Wolverine, l’éternel guerrier marginal, se retrouve au Japon. Vulnérable pour la première fois et poussé au bout de ses limites physiques et émotionnelles, Wolverine affrontera non seulement l’acier mortel du samouraï mais aussi les questions liées à sa propre immortalité.