Nés de parents agriculteurs et originaire de Savoie, Jean-Pierre Duret travaille dans leur exploitation jusqu'à l'âge de vingt ans. Il devient alors preneur de son pour le cinéma puis ingénieur du son sur de nombreux films français : Docteur Petiot (1989), Van Gogh (1990), Un héros très discret (1995), Place Vendôme (1997), Le Goût des autres (1999), Merci pour le chocolat (2000) ou encore L' Adversaire (2002).
En 1986, Jean-Pierre Duret passe à la réalisation et signe son premier court métrage intitulé Un beau jardin par exemple. Il y dresse un portrait de ses parents et raconte leur histoire sur fond d'urbanisation croissante. Il enchaîne en 1996 avec Les Jours de la Lune qui remporte le Prix du public au Festival Côté Court de Seine-Saint-Denis.
En 2002, Jean-Pierre Duret met en scène, en collaboration avec la Brésilienne Andréa Santana, Romances de terre et d'eau, un documentaire sur des paysans du Sertao au Brésil.