Diplômé de littérature anglaise et de rhétorique, Scott McGehee a également été étudiant en histoire du cinéma japonais. En 1984, il rencontre presque par hasard David Siegel, originaire comme lui de la ville d'Orange County.
Les deux compères réalisent les courts métrage Birds past (1989) et Speak then, Persephone (1990), avant de se lancer dans leur premier long métrage, Suture en 1993, dont ils sont également scénaristes et producteurs. Le film est présenté dans divers festival à travers le monde, notamment celui de Cannes (section "Un certain regard" en 1994).
Scott McGeehe et David Siegel écrivent par la suite plusieurs scénarios, dont un pour la série télévisée Fallen Angels. En 1999, ils produisent la comédie noire Lush de Mark Gibson, avant de réaliser leur deuxième long métrage, Bleu profond, en 2001, pour lequel ils cumulent à nouveau les fonctions de scénaristes et producteurs. En 2005, le duo réalise Les Mots retrouvés, drame familial porté par Richard Gere et Juliette Binoche.