Originaire de Guyane, Edouard Montoute emménage très jeune en banlieue parisienne avec sa famille. Attiré par la comédie, il est admis en Classe libre au Cours Florent et apparaît pour la première fois à l'écran en 1990 dans Jean Galmot, aventurier, un film dont l'action se déroule en Guyane française. L'acteur décroche ses premiers rôles grâce à une nouvelle génération de cinéastes dont Olivier Assayas, qui le fait tourner dans Paris s'éveille, Xavier Durringer dans J'irai au paradis car l'enfer est ici, ou encore Mathieu Kassovitz pour La Haine.
Il accède à la popularité en jouant dans la série footballistique Goal dès 1992. C'est là qu'il fait la rencontre de Frédéric Diefenthal, comédien qu'il accompagnera sur de nombreux tournages. Il joue ainsi le sympathique flic Alain dans les quatre films de la saga Taxi et le personnage de Franck dans la série David Nolande.
Figurant au casting de Port Djema, Ours d'argent au Festival de Berlin 1997, Edouard Montoute balade sa "cool attitude" et sa bonhomie dans de nombreux "films de bande" comme La Voie est libre (1998), Nos amis les flics (2004) et Avant qu'il ne soit trop tard (id.). Plus généralement, il est à l'affiche de plusieurs comédies chorales, dont Les Gens en maillot de bain ne sont pas (forcément) superficiels (2001) et Fracassés (2008). Incarnant le fourbe Egyptien Nexusis dans Astérix et Obélix : mission Cléopâtre (2002), il se montre également à l'aise dans un registre plus sombre comme en témoignent ses prestations dans Femme Fatale (2002) de Brian De Palma, La Sirène rouge (id.) et Dédales (2003).
Par la suite, même s'il semble privilégier la télévision, avec des séries comme Flics ou Les Toquées, on a pu l'apercevoir dans Enfermés dehors (2006) d'Albert Dupontel, ou le carton Les Petits mouchoirs (2010) de Guillaume Canet. En 2012, le comédien retrouve un ami de longue date, Lucien Jean-Baptiste, pour la comédie 30° Couleur, où il incarne Zamba, un personnage haut en couleur... Il s'agit de retrouvailles pour les deux hommes, qui ont déjà collaboré ensemble sur La Première étoile, la comédie enneigée de 2009 au succès surprise.