Alain Raoust intègre l'Université Paris VIII en 1986. Il apprend parallèlement le métier de metteur en scène sur le tas, notamment en devenant assistant réalisateur, puis en signant quelques films expérimentaux ainsi que les courts métrages L'Hiver encore ou La Fosse commune, fortement imprégnés de l'influence du cinéaste Philippe Garrel, et dans lesquels il revendique une certaine prise de position de l'être humain. 

En 1994, il signe à nouveau un court métrage engagé, Muette est la girouette, dans lequel une femme lit une lettre composée par le réalisateur lui-même, inspiré par le destin de la meurtrière Florence Rey, personnage central d'un tragique fait divers de l'époque. Ce film remporte la coupe Juliet-Berto au festival de Grenoble. Quatre ans plus tard, le moyen métrage La Vie sauve, qui retrace le retour d'une jeune exilée bosniaque dans son pays, permet à Alain Raoust de remporter le Grand prix du festival Côté court de Pantin en 1997.

En 2002, Alain Raoust tente l'expérience du long métrage avec le film dramatique La Cage, dans lequel une jeune femme, interprétée par Caroline Ducey, cherche à faire table rase de son passé en rencontrant le père de l'homme qu'elle a tué quelques années auparavant. Le film remporte le Prix de la Critique Internationale (FIPRESCI) au Festival de Locarno 2002. Quatre ans plus tard, il réalise L'Eté indien, dont il co-écrit également le scénario avec Olivier Adam, à qui l'on doit Je vais bien, ne t'en fais pas. L'histoire d'un homme qui se voit rattraper par son passé, contraint à révéler un secret qui le ronge depuis des années à sa fille.