Frère aîné d'Aki Kaurismäki.
Après avoir passé son enfance et son adolescence en Finlande, Mika Kaurismäki part étudier le cinéma à Munich puis réalise quelques courts métrages avant de se lancer dans un premier long : The Saimaa Gesture, un documentaire sur le rock finlandais réalisé avec son frère en 1981.
Dès ses premiers films Mika Kaurismäki se lance dans la production avec sa société Marianna Films, finançant quelques uns des films d'Aki (Shadows in Paradise, 1986) et les siens. Toujours avec son frère, il fonde en Finlande la maison de production Villa Alpha, la société de distribution Senso et crée un Festival à Sodankylä en Laponie.
C'est en Allemagne que Mika Kaurismäki se fait remarquer comme réalisateur au milieu des années 80 grâce à des films de gangsters parodiques comme Rosso (1985) ou encore Helsinki Napoli All Night Long (1987). Puis il dirige dans les années 90 des productions d'envergure internationale telles que Condition Red (1995) et I Love L. A. (1998).
Fasciné par le Brésil, il s'installe à Rio de Janeiro dans les années 1990 et se lance dans les co-productions internationales. Sa passion pour la musique brésilienne le pousse à réaliser deux documentaires : Moro no Brasil (je vis au Brésil) en 2002 et Brasileirinho en 2005, où il s'intéresse plus particulièrement au Choro.