Natif du Minnesota, Stephen Sommers fréquente l'Université de St. John et celle de Séville, en Espagne. Pendant les quatre années qui suivent sa sortie de faculté, il se révèle comme acteur dans différentes troupes théâtrales ainsi que comme manager de groupes de rock à travers l'Europe. Il déménage sur Los Angeles et intègre l'University of Southern California (prestigieuse école de cinéma et de télévison) pour trois années, pendant lesquelles il écrit et met en scène un court métrage intitulé Perfect Alibi.
Grâce à des fonds indépendants, Stephen Sommers écrit et réalise son premier film, Catch me if you can, tourné en 1989 dans la ville de son enfance, St. Cloud. Il enchaîne en adaptant deux classiques de la littérature enfantine, tous deux produits par Disney : Les Aventures d'Huckleberry Finn (1993) et Le Livre de la jungle (1994). Après avoir fait ses preuves sur ces productions de taille modeste, Stephen Sommers passe aux films à plus gros budget et aux ambiances plus fantastiques avec Un cri dans l'ocean (1998), toujours produit par Disney.
L'année suivante, Stephen Sommers met en scène La Momie, qui rencontre un énorme succès au box-office. Il réalise deux ans plus tard Le Retour de la momie et sera producteur sur les deux film consacrés au personnage tenu par Dwayne Johnson dans ce dernier : Le Roi Scorpion (2002) et Le Roi Scorpion 2 : Guerrier de légende (2008). Il produira aussi le troisième volet de la trilogie La Momie, La Momie : la Tombe de l'Empereur Dragon (2008), réalisé par Rob Cohen.
Délaissant les sables sahariens et les reliques egyptiennes pour les légendaires Dracula, Frankenstein et loups-garous, Stephen Sommers, désormais spécialiste des très grosses productions, signe en 2004 Van Helsing, emmené par Hugh Jackman. Il faut attendre l'été 2009 pour découvrir son G.I. Joe - Le Réveil du Cobra, adaptation de la célèbre série de jouets.