Employé dans une fabrique d'armes pendant la Deuxième Guerre mondiale, Kinji Fukasaku est très tôt confronté à la violence. Celle-ci sera des années plus tard, un des principaux sujets d'exploration de ses films. Après avoir terminé ses études universitaires, il entre à 23 ans en 1953 au studio Toei comme assistant réalisteur. Huit années plus tard, il tourne ses premiers films : la série du Detective Vagabond avec dans le rôle-titre le comédien Sonny Chiba.
Très vite, Fukasaku apporte un nouveau souffle au cinéma japonais en repopularisant un genre traditionnel, le "Yakusa-eiga" ou film de Yakuza. Plusieurs centaines de films seront produits dans la décennie à la suite de ceux du cinéaste y compris par la Toei, studio plutôt connu à l'époque pour ses films en costumes. Parmi les premières réussites de Fukasaku, on peut citer son premier long métrage Gangsters en plein jour (1961), Hommes, porcs et loups (1964) et Le Caïd de Yokohama (1969).
En parallèle, le réalisateur s'essaie également à d'autres genres comme la comédie et la science-fiction avec Le Lézard noir (1968). En 1970, il remplace Akira Kurosawa pour tourner les scènes de combat aérien du film de guerre américain Tora! Tora! Tora! co-réalisé par Richard Fleischer et Toshio Masuda. Il tente ensuite brièvement de se lancer en indépendant mais le public ne suit pas.
Influencé par le néo-réalisme italien puis la Nouvelle Vague, les films de Fukasaku sont avant-tout des commentaires très critiques sur le Japon de l'après-guerre. A partir des années 1970, ses gangsters n'ont plus aucun sens de l'honneur. Ils ne sont plus motivés que par leur lâcheté, l'appât du gain, prêt à tout pour sortir de la pauvreté dans laquelle la société les enferme. Guerre des gangs a Okinawa (1971), Combat sans code d'honneur (1973) et Le Cimetiere de la morale (1975) achèvent de déconstruire tous les mythes du genre. Fukasaku est alors à l'apogée de sa carrière, le succès de Combat sans code d'honneur amenant même plusieurs suites. Son style brut est en totale adéquation avec la violence et le chaos qu'il décrit.
A la fin de la décennie et durant les vingt années qui suivent, le cinéaste change totalement de direction. Il se spécialise progressivement dans la science-fiction et les films de samuraïs. En 2000, Fukasaku revient au premier plan avec Battle Royale, son dernier film. Cette satire de la société japonaise autour d'un jeu de massacre organisé à l'insu de jeunes adolescents connaît un important succès au Japon et en Occident. Fukasaku commence le tournage d'une suite quand un cancer l'oblige à abandonner le projet à son fils. Il ne verra jamais le film terminé.
De nombreux cinéastes se réclament de l'oeuvre de Fukasaku parmi lesquels Takeshi Kitano à qui il céda la réalisation de Violent Cop pour des raisons de santé, Takashi Miike, John Woo et Quentin Tarantino