Fils d'enseignants, François Bégaudeau grandit à Nantes, où il suit des études de lettres modernes. Titulaire d'une agrégation, il trouve un premier poste de prof de français à Dreux, puis au collège Mozart, dans le XIXe arrondissement de Paris.

Egalement écrivain, il consacre plusieurs de ses ouvrages à ses passions : le football (Jouer juste, son premier livre en 2002) ou le rock -il fut le chanteur du groupe Zabriskie point dans les années 90 (Un démocrate-Mick Jagger, 2005). Cinéphile, il officie comme critique aux Cahiers du cinéma, puis à Playboy, et cosigne des courts métrages au sein du collectif nantais Othon. On retrouve sa plume dans d'autres publications, du Monde à Inculte, revue littéraire qu'il a cofondée.

En 2006, François Bégaudeau relate son expérience d'enseignant dans un ouvrage, Entre les murs (Prix France Culture - Télérama), centré sur la relation prof-élèves à l'intérieur de la salle de classe. Le livre donnera lieu à un long métrage de Laurent Cantet, dans lequel Bégaudeau joue lui-même le rôle principal, celui d'un prof de français anticonformiste, partisan d'un dialogue égalitaire et décontracté avec les élèves. Se tenant à distance du catastrophisme comme de l'angélisme, le film obtient la Palme d'or au Festival de Cannes en 2008.