Stephen Hopkins passe sa jeunesse en Angleterre et en Australie, où il met en scène divers spectacles, dont Rasputin. Il débute dans la réalisation avec une série de clips et de spots publicitaires primés dans plusieurs grandes manifestations avant de signer le thriller australien Dangerous game et de connaître son premier succès international avec le film d'horreur Freddy 5 : l'enfant du cauchemar (1989). Egalement réalisateur de trois épisodes de la série fantastique Les Contes de la Crypte, il dirige Danny Glover face à la créature chasseresse de Predator 2 en 1990.

Dans les années 90, Stephen Hopkins met en scène quelques productions hollywoodiennes alliant suspense et action : La Nuit du jugement (1993) avec Emilio Estevez, l'explosif Blown away (1994), où se font face Jeff Bridges et Tommy Lee Jones, L'Ombre et la proie (1996) avec un Michael Douglas et un Val Kilmer chasseurs de lions, ainsi que Perdus dans l'espace (1998), l'adaptation de la célèbre série. Deux ans plus tard, il s'essaie au difficile exercice du remake en délivrant sa propre version de Garde à vue à travers le polar Soupçons (2000).

Oubliant quelque temps le cinéma pour s'atteler à la création de la série à succès 24 heures pour laquelle il réalise 12 épisodes, Stephen Hopkins fait un retour en force sur le grand écran en changeant radicalement de registre et en présentant en compétition officielle au Festival de Cannes 2004 Moi, Peter Sellers, une évocation de la vie du célèbre comédien britannique.

Se centrant davantage sur les fonctions de producteur et metteur en scène pour le petit écran, Stephen Hopkins travaille sur les séries Traffic, US Marshals, Californication, House of Lies, Houdini and Doyle et 24: Legacy. Parallèlement, il n'en oublie pas pour autant le cinéma comme en témoignent l'horrifique Les Châtiments porté par Hilary Swank et La Couleur de la victoire, biopic centré sur le sprinteur Jesse Owens, quadruple médaillé d'or lors des Jeux olympiques d'été de 1936 à Berlin.