Né d'un père travailleur social et d'une mère institutrice, Ben Affleck fait ses débuts d'acteur très jeune en tournant un spot publicitaire pour Burger King et en jouant dans The Dark end of the street (1981), un drame de Jan Egleson. L'acteur enchaîne alors les séries télévisées et téléfilms comme The Voyage of the Mimi (1984), ou encore The Second Voyage of the Mimi (1988). Durant sa scolarité à Harvard, il fait la rencontre de Matt Damon qui devient son ami. Ben Affleck abandonne bientôt ses études pour se consacrer à sa passion : le cinéma.

En 1992, le comédien apparaît dans La Différence de Robert Mandel, et décroche, la même année, le rôle d'un basketteur dans Buffy the vampire slayer de Fran Rubel Kuzui. En 1993, il fait la connaissance de Kevin Smith. De leur collaboration naîtront six comédies burlesques : Les Glandeurs (1995), Méprise multiple (1997), Dogma (2000), Jay & Bob contre-attaquent (2002), Clerks II (2006) et Jay and Silent Bob Reboot (2019).

En 1997, Ben Affleck coécrit avec Matt Damon le scénario de Will hunting, dans lequel les deux amis partagent l'affiche. Récompensé aux Oscars (Meilleur acteur pour Robin Williams et Meilleur scénario), ce drame lui apporte une certaine notoriété, ce qui ne l'empêche pas de figurer aux castings de films dits "mineurs" comme Going all the way (1997) de Mark Pellington et Phantoms (1998) de Joe Chappelle.

Ben Affleck conforte son statut de star en apparaissant en tête d'affiche de deux films totalement différents : la comédie romantique aux sept Oscars Shakespeare in Love de John Madden avec Gwyneth Paltrow et le blockbuster Armageddon de Michael Bay, dans lequel il tente d'empêcher aux côtés de Bruce Willis la collision d'un astéroïde avec la Terre. Son physique de jeune premier casse-cou lui permet d'alterner romances (Un vent de folie (1999) de Bronwen Hughes avec Sandra Bullock) et thrillers d'action (Piège fatal (2000) de John Frankenheimer).

En 2001, Ben Affleck tient l'un des rôles principaux de la superproduction Pearl Harbor de Michael Bay. Devenu incontournable à Hollywood, il prend la relève de Harrison Ford pour le rôle de l'agent Jack Ryan (La Somme de toutes les peurs, 2002) et, l'année suivante, se met à la mode des super-héros en interprétant le justicier aveugle Daredevil.

Sa carrière connaît ensuite un brutal ralentissement avec les échecs commerciaux d'Amours troubles, de Famille à louer et de Paycheck, l'adaptation du roman de Philip K. Dick signée John Woo. Sa vie sentimentale est néanmoins marquée par son mariage avec l'actrice Jennifer Garner (à qui il donne la réplique dans Pearl Harbor puis Daredevil). Absent des écrans jusqu'en 2006, il trouve un parfait contre-emploi avec le rôle de l'acteur défunt George Reeves dans le drame Hollywoodland, apparaît en truand dans le polar Mi$e à prix, et s'adonne à la réalisation avec un premier long métrage, Gone Baby Gone, film policier interprété par son frère Casey Affleck.

En 2009, Ben Affleck revient devant la caméra, pour deux films très différents : la comédie romantique Ce que pensent les hommes, puis le thriller Jeux de Pouvoir où il incarne un politicien placé au coeur d'une enquête menée par le journaliste joué par Russell Crowe. Toujours hanté par Boston et sa banlieue où il avait déjà situé son premier long métrage, il signe le thriller The Town en 2010, un drame sur fond de romance et de braquages dans lequel il tient également le rôle principal. L'année suivante, Ben incarne avec force et sensibilité Bobby Walker, un quadragénaire cadre supérieur qui se retrouve au chômage dans The Company Men.

Passionné d'Histoire, notamment celle du Moyen-Orient, Ben Affleck réalise Argo en 2012. Le film, inspiré d'une histoire vraie, est un grand succès critique et public (trois Oscars : meilleur film, meilleur scénario adapté et meilleur montage). L'année suivante, Ben est à l'affiche du nouveau film de Terrence Malick, A la merveille, et se glisse dans la peau d'un bad guy pour les besoins du thriller Players. En octobre 2014, il tient le rôle principal du lucratif Gone Girl de David Fincher, celui d'un homme soupçonné du meurtre de sa femme après la disparition de celle-ci.

Entre temps, le 22 août 2013, il est choisi pour être le nouveau Batman dans la suite de Man of Steel, Batman v Superman : L’Aube de la justice, qui sort en 2016 (un rôle qu'il reprend dans la Ligue des Justiciers en 2017 et The Flash en 2022). Cette même année, il repasse derrière la caméra pour le film de gangsters Live By Night, également adapté d'un roman de Dennis Lehane. Le natif de Berkeley incarne ensuite un expert-comptable à la solde de la mafia dans Mr Wolff, un ancien soldat cherchant à voler de la drogue aux cartels dans Triple frontière et un entraîneur de basket alcoolique dans The Way Back.

En 2021, Ben Affleck se glisse dans la peau dans l'ignoble Comte Pierre d'Alençon dans Le Dernier duel, qu'il écrit avec Matt Damon, puis attaque 2022 avec le drame de George Clooney The Tender Bar pour Amazon Prime, et le thriller érotique Eaux profondes d'Adrian Lyne (adapté d'un roman de Patricia Highsmith).

En marge de ses activités au cinéma, Ben Affleck est également très investi dans des organisations caritatives, notamment sur les problèmes en Afrique.