Enki Bilal a grandi à Belgrade, en ex-Yougoslavie. A dix ans, il émigre avec sa famille, à Paris. Il y apprend le français, et découvre parallèlement la bande dessinée et le cinéma. A vingt ans, il remporte un concours du magasine de bande dessinée Pilote : Le Bol maudit, sa première histoire, y est publié un an plus tard. Il va alors se consacrer à son travail de dessinateur.
En 1982, Enki Bilal fait sa première incursion dans le cinéma, en élaborant les décors de La Vie est un roman, d'Alain Resnais. Dans ce drame fantastique, un château majestueux et fantasque est au coeur du récit : il ne s'agit pas de simples décors, mais d'un réel univers.
Sept ans plus tard, en 1989, Enki Bilal réalise son premier film, très inspiré de son graphisme en bande-dessinée : Bunker Palace Hotel. Dans un pays inconnu, dans une ville inconnue, lors d'une guerre inconnue, s'agite sous terre l'élite d'un régime inconnu. Ce film, où Jean-Louis Trintignant incarne le terrible Holm, n'est pas sans rappeler le Belgrade en ruines qu'Enki Bilal connut enfant...
Tykho Moon sort en France en 1996. Dans ce deuxième long métrage, Enki Bilal retrouve Jean-Louis Trintignant et lui associe Julie Delpy et Richard Bohringer. Il crée de nouveau un univers fantastique et original : l'action se déroule sur la Lune, dans une colonie sous la vindicte du president-dictateur Mac Bee.
En 2002, Bilal commence à développer le projet d'une "adaptation" de sa trilogie Nikopol : pour ce film, il fait appel à Linda Hardy et à Thomas Kretschmann pour incarner ses héros de papier. Le film, qui mêle effets spéciaux, acteurs virtuels et histoire romanesque dans un futur imaginé, sort en France en mars 2004.