Issu de la Royal Academy of Dramatic Art, Ben Whishaw obtient son diplôme au printemps 2003. Il fait ses premiers pas au cinéma avant même d'intégrer cette prestigieuse école en jouant dès 1999 des rôles secondaires dans La Tranchée de William Boyd et Mauvaise Passe de Michel Blanc. Il s'illustre ensuite dans Délire d'amour, adapté du roman d'Ian McEwan, puis fait de la scène en jouant A La Croisée des Mondes et Hamlet.

Ben Whishaw poursuit sa carrière cinématographique en donnant la réplique à Daniel Craig dans le nerveux Layer Cake. En 2005, il rejoint le casting de Stoned, biopic sur les Rolling Stones où il incarne le guitariste Keith Richards. Mais la reconnaissance internationale intervient l'année suivante avec le rôle titre du Parfum, l'adaptation du best-seller de Patrick Süskind où il se glisse dans la peau du "tueur olfactif" Jean-Baptiste Grenouille.

Dès lors, les choses s'accélèrent pour le jeune homme, qui figure au casting du I'm Not There de Todd Haynes et du thriller L'Enquête - The International. En 2010, il incarne le poète John Keats dans le Bright Star de Jane Campion, présenté en compétition à Cannes. Il est ensuite choisi pour camper Q dans Skyfall, l'agent fournissant les gadgets à James Bond. Un rôle qu'il reprend dans 007 Spectre (2015) et Mourir peut attendre (2021).

Tournant beaucoup, Ben prête sa voix au petit ours dans le lucratif Paddington et ses suites. Puis, il prend part au blockbuster Au cœur de l'océan, aux biopics Les Suffragettes et Danish Girl, à l'étrange The Lobster, à la comédie musicale Le Retour de Mary Poppins, au drame SF Little Joe et à la romance gay Passages. En 2024, l'Anglais impressionne dans la peau du célèbre écrivain franco-russe et dissident politique dans Limonov, la ballade, un biopic très rock'n'roll.

Côté petite lucarne, Ben Whishaw campe le rabbin dans la saison 4 de Fargo et surtout porte la série médicale This Is Going to Hurt, dans laquelle il incarne le médecin gynécologue Adam. Fin 2024, il change de registre avec la série d'espionnage Netflix Black Doves, pour laquelle il joue un assassin au cœur tendre, hanté par son passé.