Issu de la Royal Academy of Dramatic Art, Ben Whishaw obtient son diplôme au printemps 2003. Il fait ses premiers pas au cinéma avant même d'intégrer cette prestigieuse école en jouant dès 1999 des rôles secondaires dans La Tranchée de William Boyd et Mauvaise Passe de Michel Blanc. Il s'illustre ensuite notamment dans Délire d'amour de Roger Michell, adapté du roman d'Ian McEwan, puis fait de la scène en jouant A La Croisée des Mondes et Hamlet.
Ben Whishaw poursuit sa carrière cinématographique en donnant la réplique à Daniel Craig dans le nerveux Layer Cake. En 2005, il rejoint le casting de Stoned, biopic sur les Rolling Stones où il incarne le guitariste Keith Richards. Mais la reconnaissance internationale intervient l'année suivante avec le rôle titre du Parfum, l'adaptation du best-seller de Patrick Süskind où il se glisse dans la peau du "tueur olfactif" Jean-Baptiste Grenouille. Dès lors, les choses s'accélèrent pour le jeune homme, qui figure au casting du I'm Not There de Todd Haynes et du thriller L'Enquête - The International. En 2010, il incarne le poète du début du 19e siècle John Keats dans le Bright Star de Jane Campion, présenté en compétition à Cannes.