Le film est composé de 3 chapitres : Interior Design de Michel Gondry, Merde de Leos carax et Shaking Tokyo de Bong Joon-ho. Chacun d'entre eux est librement inspiré par Tokyo et tourné au coeur de la ville.
Alice intègre un nouveau collège où circule une étrange rumeur concernant un meurtre commis un an plus tôt. La victime est un mystérieux « Judas ». Une de ses camarades de classe et voisine, Hana, vit recluse chez elle.
Tokyo, début des années 1940. Tetsuko, que tout le monde appelle Totto-Chan, est une petite fille pleine de vie qui mène la vie dure à son institutrice, qui finit par la renvoyer. Ses parents décident de l’inscrire à Tomoe, une école pas comme les autres où de vieux wagons font office de salles de classe. Son directeur y met l'accent sur l'indépendance et la créativité des enfants. Tandis que la Japon s'enfonce dans la guerre, Totto-Chan va découvrir que les petites expériences de la vie sont plus importantes que les leçons.
Quand une minuscule Chapardeuse appelée Arrietty se lie d'amitié avec un garçon qui fait des dizaines de fois sa taille, elle doit aussi protéger sa famille des humains.
Trois histoires d'amour basées sur un spectacle de poupées du théâtre Bunraku et dont les protagonistes sont un couple heureux forcé de faire un choix tragique, un chef yakuza nostalgique, et une ancienne star de la musique harcelée par un fan.
Batou est un cyborg vivant. Son corps entier a été fabriqué par l'homme. Seules lui restent des bribes de son cerveau et le souvenir d'une femme. Voici la débauche du "fantôme" d'un homme solitaire qui néanmoins cherche à conserver son humanité.
Malgré une situation familiale assez déséquilibrée, la jeune Kié, âgée de huit ans, est la reine de la débrouillardise : avec l'aide de sa grand-mère et de son chat, elle essaie de faire fonctionner correctement le petit restaurant familial.
Taeko vit avec son époux Jiro et son fils Keita en face de chez ses beaux-parents. Tandis qu'elle découvre l’existence d'une ancienne fiancée de son mari, le père biologique de Keita refait surface. C'est le début d'un cruel jeu de chaises musicales, dont personne ne sortira indemne.
Une célèbre chanteuse s’envole au Japon pour un dernier concert à guichet fermé. Lorsque le concert prend fin, sa vie sur terre s’arrête aussi. Une nouvelle vie inattendue s’offre alors à elle : un au-delà dans lequel l’un de ses plus grands fans l’attend.
Au nord du Japon, à Yamagata, où Daigo Kobayashi retourne avec son épouse, après l'éclatement de l'orchestre dans lequel il jouait. Daigo répond à une annonce pour un emploi "d'aide aux départs", imaginant avoir affaire à une agence de voyages...
Hinako, une jeune fille passionnée de surf, déménage dans une ville balnéaire. Lors d'un incendie, elle est sauvée par un pompier nommé Minato. De cet incident va naître une incroyable fusion entre deux êtres que tout oppose.
Indécis en amour, Tsuji rencontre une nuit Ukiyo, à qui il sauve la vie sur un passage à niveau. Malgré les mises en garde de son entourage, il est irrémédiablement attiré par la jeune femme… qui n’a de cesse de disparaître.
Nishimiya est une élève douce et attentionnée. Chaque jour, pourtant, elle est harcelée par Ishida, car elle est sourde. Dénoncé pour son comportement, le garçon est à son tour mis à l'écart et rejeté par ses camarades. Des années plus tard, il apprend la langue des signes... et part à la recherche de la jeune fille.
Goshu est un violoncelliste maladroit et timide qui souhaite égaler un jour son modèle : Ludwig van Beethoven. Souvent blâmé par le chef d'orchestre, il décide de s'entraîner sérieusement en vue d'un grand concert. Mais en dépit de sa persévérance, il ne fait pas de progrès fulgurants. Heureusement, il va se faire aider par un groupe de ...