Hors-la-loi, El Topo défie pour l'amour d'une femme les Quatre Maîtres du Désert. Les ayant vaincus, sa conscience s'élève jusqu'à ce que sa femme le trahisse. Sa nouvelle vie d'homme saint commence alors.
Un Assassin surgit des abysses dans une cloche à plongée et s’enfonce au cœur d’un univers infernal peuplé de créatures mutantes et de scientifiques fous. Bientôt capturé, il devient la victime du monde qu’il est chargé de détruire...
Deux histoires indépendantes se superposent. Dans la première, Gary Gilmore, fils de mormons établis dans l'Utah, a été exécuté après avoir assassiné un jeune pompiste. La seconde histoire met en scène le magicien d'origine hongroise Harry Houdini.
L'ambition et son pouvoir sont au centre de "Cremaster 3". L'action se déroule dans le Chrysler Building à New York, dans les années 1929-1930. Matthew Barney superpose l'architecture du building au rite d'initiation des francs-maçons.