À l'intérieur d'un tribunal, Zain, un garçon de 12 ans, est présenté devant le juge. À la question : " Pourquoi attaquez-vous vos parents en justice ? ", Zain lui répond : " Pour m'avoir donné la vie ! ". Capharnaüm retrace l'incroyable parcours de cet enfant en quête d'identité et qui se rebelle contre la vie qu'on cherche à lui imposer.
A Beyrouth, de nos jours, une insulte qui dégénère conduit Toni (chrétien libanais) et Yasser (réfugié palestinien) devant les tribunaux. De blessures secrètes en révélations, l'affrontement des avocats porte le Liban au bord de l'explosion sociale mais oblige ces deux hommes à se regarder en face.
Au Liban, dans un village isolé, cerné par des mines, les femmes chrétiennes et musulmanes complotent pour empêcher les hommes de se battre. Jusqu’au jour où un drame surgit…
Lors d'une fête étudiante, Mariam, croise le regard de Youssef. Quelques heures plus tard, Mariam, erre dans la rue en état de choc. Commence pour elle une longue nuit durant laquelle elle va devoir lutter pour le respect de ses droits et sa dignité. Mais comment peut-on obtenir justice quand celle-ci se trouve du côté des bourreaux ?
Rabih, un jeune chanteur aveugle, est invité avec sa chorale à se produire en Europe. Lors des formalités pour obtenir son passeport, il découvre qu’il n’est pas le fils biologique de ses parents. Un mensonge qui l’entraîne dans une quête à travers le Liban, à la recherche de son identité.
Années 80, à la veille des événements de Sabra et Chatila. La révolte gronde dans une prison israélienne, où sont détenues des prisonnières politiques palestiniennes.
Dans un restaurant de Tel-Aviv, une femme fait exploser une bombe. Toute la journée, le docteur Amine, israélien d'origine arabe, opère les nombreuses victimes de l'attentat. Au milieu de la nuit, on le rappelle d'urgence pour lui annoncer que la kamikaze est sa propre femme.
Karim, un pianiste de talent, a l’opportunité unique de passer une audition à Vienne. La guerre en Syrie et les restrictions imposées bouleversent ses projets et la survie devient un enjeu de tous les jours. Son piano constitue alors sa seule chance pour s’enfuir de cet enfer.
Sur l’île fictionnelle d’Orphalese, Almitra, une petite fille de huit ans, rencontre Mustafa, prisonnier politique assigné à résidence. Contre toute attente, cette rencontre se transforme en amitié. Ce même jour, les autorités apprennent à Mustafa sa libération.
Liban, été 1958. Trois sœurs de la bonne société chrétienne sont en villégiature dans la montagne libanaise. La vie tranquille du village est bousculée par les échos d'une révolution grondant à Beyrouth et par l’arrivée de deux estivants français. Mais c'est de l'intérieur de la famille que viendra le bouleversement.
Histoire de la naissance de l'Islam depuis la révélation accordée à Mahomet en 610/611 jusqu'au pèlerinage d'adieu à la Mecque où il meurt le 8 juin 632.