Octobre 1957. Les paras du colonel Mathieu cernent le refuge d’Ali-La- Pointe, responsable de la guérilla urbaine. Pendant ses heures de réclusion forcée, Ali revit l’itinéraire qui l’a conduit de l’état de délinquant et proxénète à celui de chef guérillero du F.L.N. Novembre 1954, l’organisation terroriste entreprend son activité en Algérie ; ce sont les premiers attentats à la bombe dans les bars, les gares et les cinémas de la « ville européenne ». Ali devient l’un des chefs de l’organisation, sous la direction de Ben M’Hidi, alors qu’arrivent à Alger les parachutistes salués par la population européenne. Le colonel Mathieu, mettant à profit une grève, pénètre dans le quartier arabe et procède aux premières arrestations...
Un député progressiste est assassiné dans un pays méditerranéen. Le juge d'instruction s'occupant de l'enquête met en évidence, dans ce crime, la participation de l'armée et de la police.
Durant les premières années euphoriques qui suivent l'indépendance, deux amis, Djaffar et Hamid, sont promis à un bel avenir dans une Algérie libre jusqu'au jour où la trahison les sépare.
Héliopolis est un film qui retrace le début des évènements tragiques du 8 mai 1945 et les massacres de Sétif, Guelma et Kherrata en Algérie durant la colonisation française.