2085, le monde a été détruit par une guerre de religion. Désespérant de sauver l'humanité, les forces dirigeantes organisent un tournoi d'arts martiaux où le dernier combattant debout deviendra le nouveau chef du monde.
Rachel semble mener une vie parfaite, sauf qu'elle ne se souvient pas de la naissance récente de son petit garçon ni même d'avoir été enceinte. Son mari Stephen détourne les questions qu'elle pose et ses étranges voisins commencent à la harceler...
Le major Motoko Kusanagi a quitté la section 9, Togusa a pris sa place. Un intrus d'exception, surnommé "The Pupeteer", commet des actes terroristes et le major pourrait être impliqué dans l'affaire.
Un chercheur perd sa fille pendant une attaque à son laboratoire. Désespéré, il pense qu'une rose trouvée près du corps de son enfant, renferme l'âme de celle-ci. 5 ans plus tard, il est contacté pour participer à la mise au point d'une arme bactériologique, à partir de cellules de Godzilla car le monstre serait sur le point de se ...
Adaptation du roman de Whitley Strieber, l'histoire parle d'une civilisation extra-terrestre avancée qui supervise l'évolution de la vie aux quatre coins du Cosmos. Ce sont eux qui gèrent notre Terre. Ces extra-terrestres (bienveillants?) ont choisi de ne pas se montrer à l'homme pour ne pas influer en mal sur son développement.