2029, Newport City. Le Major Motoko Kusanagi, femme cyborg ultra-perfectionnée, enquête sur un nouveau cyber-virus capable de contrôler les esprits et d'altérer les souvenirs de ses victimes. Le suspect principal, surnommé le "Marionnettiste", devient la cible d'une traque intense sur fond de rivalité avec la section 6, à la solde du Ministère des Affaires Etrangères et de son mystérieux Proje...
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