Dix ans ont passé depuis le combat entre Kira et L. Les Shinigami, les dieux de la mort, envoient à nouveau des Death Note parmi les humains, et le monde sombre peu à peu dans le chaos. Tsukuru est membre de l'unité spéciale Death Note avec Matsuda, qui a travaillé sur l'affaire Kira. Les meurtres de masses ont lieu au quatre coins du monde. Le successeur de L se met alors, lui aussi, à enquêter sur cette affaire qui réunirait peut-être six Death Note.