Deux ans après un deuxième film déjà bien en deçà du premier à cause de son trop-plein marketing, la trilogie se boucle avec un scénario qui se veut original dans lequel les tortues sont amenées à voyager au Japon trois siècles en arrière. De nouveau jouée par Paige Turco, April tombe en effet sur un mystérieux sceptre permettant de voyager ans le temps si une autre personne de même poids tient l’autre sceptre de la même série ailleurs dans le monde, une logique déjà bien étrange. C’est d’ailleurs elle qui va se retrouver dans le Japon féodal à la place du jeune Kenshin, fils du seigneur Norinaga avec qui il semble avoir du mal à s’entendre (« Voilà ce que c’est de pourrir ses enfants : ils ne sont jamais contents et ils passent à l’ennemi ! »).
« Les Tortues Ninja, c’est pas du bidon ! Yeh tape la patte ! Eh ouais, super et vive le rock’n roll »
Les tortues se téléportent alors à leur tour pour la secourir, aidées par un ancêtre de Casey Jones face au terrible Walker, joué par le charismatique Stuart Wilson (L’Arme Fatale 3, Le masque de Zorro, Ennemi d’État). Elias Koteas effectue d’ailleurs son retour dans ce rôle, mais en simple figurant car chargé de veiller sur Splinter au cas où les quatre Japonais intervertis avec les tortues ne se mettent à faire des choses bizarres. Le budget du film ayant clairement été revu au rabais, les effets spéciaux sont très limités, certains bruitages pas du tout crédibles et les costumes des tortues respirent le plastique avec des museaux allongés et des tâches bleutées un peu trop envahissantes. La marionnette de Splinter est tellement médiocre qu’il apparaît toujours caché derrière une fenêtre en ne montrant que le haut de son corps.
« Kimono, banzai, sushi ! »
Leonardo est cette fois-ci doublé par Thierry Wermuth, connu pour la VF de Tintin et surtout celle de Stanley dans South Park, ce qui donne un aspect comique faisant s’engouffrer de plus en plus le film dans le nanar dans le nanar (« Qu’est-ce qui te mine de charbon ? »). Si Stuart Wilson a quant à lui l’honneur d’avoir la voix de Gérard Rinaldi (Dingo dans de nombreuses productions Disney, Ratigan dans Basil, détective privé, Tim Curry dans Maman, j’ai encore raté l’avion), son personnage manque de conviction et n’est finalement qu’un simple pion dans le scénario. Le film peut en fait se résumer à de mauvaises scènes d’action entrecoupées par des blagues tantôt lourdes (« Finalement c’est vachement tordu la vie d’une tortue ! »), tantôt racistes (« Alors là t’as commis l’erreur de ta vie, Nagasaki ! »), ou qui n’ont simplement aucun sens (« Eh bah alors quoi tu espérais peut-être voir la famille Addams, t’es déçu !? »).
« Raphaël sur le flanc droit, moi sur la gauche. Où est-ce qu’y a du flan !? »
April démontre une fois de plus son inutilité en sortant une énormité hallucinante sur le sceptre (« Une espèce de vieux sablier, un truc dont les Japonais devaient se servir pour cuire les œufs à la coque ? »), servant ainsi de simple prétexte pour le scénario. La bataille finale n’est pas vraiment marquante au point que Walker soit éjecté dans l’eau sans effet à l’impact. Après un tel massacre, le film est quand même rentable avec deux fois plus d’argent réuni que le budget d’origine, mais cela reste bien en dessous des deux premiers films et des espérances de la production. Le déferlement des mauvaises critiques aura fini d’achever la licence, qui ne se retrouvera pas au cinéma avant le long métrage animé de 2007.