Raoul Ruiz se défend bien de décrire son Klimt comme un biopic, au contraire : il s'agit selon lui d'une "d'une fantaisie, ou (...) d'une fantasmagorie, d'une fresque de personnages réels et imaginaires qui tournent autour d'un seul point : le peintre Klimt". Pour créer ce sentiment à l'écran, il a utilisé divers procédés : point de vue (on voit les évenements par les yeux du peintre), abondance de couleurs, distorsion de l'espace ou encore mouvements de caméra complexes.
Pour sa structure narrative, le réalisateur s'est appuyé sur les travaux de l'écrivain viennois Arthur Schnitzler qui utilise lui aussi "le mélange du réel et du rêve, du quotidien et de la folie, les jeux de miroirs, de manège, de carrousel".
Raoul Ruiz exploite dans Klimt une propriété découverte par des neurologues appelée "cerveau volant" et qui suppose que, lors de la projection cinématographique, le cerveau imprègne les images les plus réalistes du film d'une aura d'irréalité.
Pour tirer profit de cette découverte, Ruiz provoque une impression d'incertitude face à ce que le spectateur peut voir. Il confie : "cela peut s'expliquer par le déplacement d'objets, de murs, par le changement constant des sources de lumière et par le jeu chorégraphique des comédiens, par la fragmentation de l'action, par l'exclusion ou le déplacement des points narratifs".
Si dans Le Temps retrouvé, le réalisateur comptait une soixantaine de ces procédés, il y en aurait plus du double dans Klimt.
Raoul Ruiz a voulu donner à Klimt la forme d'une valse. Son modèle pour le film a été le poème symphonique de Ravel intitulé "La Valse"; il s'est inspiré de sa structure : "un début lugubre, puis une accélération jusqu'au paroxysme et un arrêt inattendu, brutal".
Quand on lui demande de résumer Klimt, Raoul Ruiz le fait en un mot : oignon. Et pour développer son idée, il file la métaphore : "des feuilles très fines, des pellicules qui forment une figure sphérique. Cet oignon relève nos salades mentales, et surtout, je l'espère, fait pleurer."